Гидрографическая сеть пустынь представлена главным образом пересыхающими руслами, в которых вода находится лишь в период дождей, исчезая через несколько дней или недель. Вся вода, образующая более или менее продолжительный водосток, является дождевой. Правда, в горных районах имеется небольшое количество постоянных ручьев, но почти все они быстро теряются в песках или в лучшем случае впадают в закрытый бассейн, представляющий собой высохшее соленое озеро.
Ливни, выпадающие раз в 3–4 года, иногда образуют мощные, разрушительные потоки, прорывающие короткие, но глубокие, с крутыми склонами долины, впоследствии пересыхающие, называемые вади. Густая сеть вади покрывает 200–250 километровую полосу вдоль всего побережья Красного моря.
Распространяясь к западу от него, к долине Нила. Богат вади Синайский п-ов. Во время дождя по такой долине прокатывается стена воды, сметающая на своем пути все живое. Поэтому местные жители при первых признаках грозы спешат взобраться как можно повыше, чтобы в безопасном месте переждать непогоду. Вместе с тем ливни дают жизнь многочисленным маленьким природным колодцам. Они располагаются на небольшой глубине за счет просочившейся в грунт воды.
Азиатские пустыни пересечены густой сетью сайров — сухих русел временных водоисточников. В сайрах после ливней тоже нередко возникают стремительные потоки — циры.
Озера зачастую содержат соленую или горько-соленую воду, непригодную для питья. Основным источником пресной воды в зоне пустынь являются грунтовые и конденсационные воды. Конденсационные воды малой глубины залегания образуются за счет проникновения в толщу песка влаги редких дожей и воды, конденсирующейся из атмосферы во время резкого снижения температуры воздуха в ночное время. Горизонты пресных вод в Сахаре, пустынях.
Аравии и Ирана расположены на глубине от 3–5 до 20–30 м. В центральноазиатских пустынях средняя глубина залегания не превышает 1,5-4м. Для получения пресной воды в этих местах отрываются колодцы. Нередко пресная вода образует своего рода линзу, плавающую поверх сильноминерализованной более тяжелой воды. По мере разбора воды вследствие процессов диффузии происходит постепенное ее засоление.
В Средней Азии широко распространены чирле. Это водоналивные колодцы. Глубина их может достигать 30 м. Поэтому солнце не проникает в его глубину, а следовательно, испарение здесь значительно меньше, чем в открытых водоисточниках. Чтобы максимально уменьшить испарение, над чирле сооружают кирпичные купола. Такие своеобразные колодцы с солнцезащитой называются сардобами. Своеобразную систему водоснабжения представляют так называемые кяризы. Это галереи, тянущиеся под землей, повторяя уклон местности. В горах выкапывается глубокий колодец. А от него по уклону прокладывается туннель, постепенно приближающийся к поверхности. В нескольких метрах кяриз соединяется с поверхностью колодцами. При таком подземном транспортировании воды на испарение практически не тратится ни капли, а облицовка туннелей не допускает фильтрации воды в окружающий грунт.
В этой системе наблюдается много общего с фоггарами Западной Сахары. Они тоже представляют цепочку колодцев, которые начинаются около большого водоема, старого речного русла или глубокого колодца и соединяются между собой системой туннелей.
В горных районах и предгорьях воду можно отыскать в углублениях и расселинах, где после дождя она сохраняется в течение нескольких недель и даже месяцев.
Большинство караванных дорог, автомобильных путей, тропинок, как правило, идет через водные источники. Расстояния между ними обычно велики, иногда 100 км и более.
Одной из особенностей пустыни и следствием ее климатических условий является бедность растительного мира. Некоторые районы пустыни, особенно каменистые, щебенистые, глинистые и солончаковые, почти полностью лишены растительности. Только районы постоянных водоисточников — оазисы — понастоящему богаты растительностью. Ярко зеленеют перистые кроны финиковых пальм. В густой листве оливковых деревьев звонко щебечут птицы, звенят цикады. Путник после изнурительного перехода по пескам может отдохнуть в прохладной тени апельсиновых рощ. Здесь можно увидеть персики и лимоны, фиги и айву. Но как ничтожно малы эти островки жизни в безбрежном океане пустыни! Из миллионов квадратных километров Сахары на долю оазисов достается лишь 350 км2.
При переходе из зоны степей, полупустынь и саванн (тропические степные равнины с редко растущими деревьями и кустарниками) к пустыне по мере разрежения растительного мира беднеет и фауна. Редко встречаются живые существа на солончаках и такырах. Однако полное их исчезновение следует считать явлением исключительным. Там, где есть хоть какая-нибудь растительность, всегда можно встретить живые существа. Многие из них, избегая губящего воздействия солнечных лучей, ведут ночной образ жизни, забираясь в дневное время в норы. В 30–40 см от поверхности песок более влажен и прозрачен, а на глубине 1–1,5 м температура круглый год в любое время суток держится в пределах 10–17 °C.