В самый канун революции 1905 года В. С. Панкратов получил наконец возможность вернуться в Москву. В древней российской столице кипели страсти. Еще свежи были в памяти людей события Девятого января, когда войска расстреляли безоружную толпу, двигавшуюся «на поклон» к царю в Петербурге. Всероссийская октябрьская политическая стачка, волнения в армии и на флоте побудили правящие круги России выступить с манифестом, в коем царь обязывался «усовершенствовать» порядки в государстве, даровать гражданам основные политические свободы. Появились легальные независимые партии, такие, как, например, кадеты, октябристы, претендующие на народовольческую преемственность, эсеры и др. Человеку, надолго оторванному от политической борьбы, несложно было запутаться в таких обстоятельствах. С В. С. Панкратовым ничего подобного не произошло — он быстро нашел общий язык с новым поколением революционеров. Участвовал в московском вооруженном восстании в декабре 1905 года, а после разгрома восставших скрывался, помогал спастись от расправы ушедшим в подполье товарищам.
И все же революция была разбита. В. С. Панкратов попытался найти себе место в новой и еще не совсем осознанной бывшими политкаторжанами действительности. Пригодились, как ни странно, знания геологии, с таким трудом освоенные в шлиссельбургской одиночке. В. С. Панкратов, не особенно стремившийся задержаться в Москве, где о его революционных деяниях многим было известно, уехал обратно в Сибирь с первой подвернувшейся под руку научной экспедицией. Впрочем, для ее руководителей человек, хорошо знакомый со специальностью да еще и получивший немалый опыт жизни в Якутии, был сущим кладом.
С геологическим молотком и рюкзаком за плечами, в пушистой местной кюхлянке он исходил всю Якутию — понятно, более или менее освоенную ее часть. Исследовал Алдано-нельканский тракт, Вилюйскую низменность и одноименное плато. Это была новая для него работа — труд ученого, и он, казалось, целиком отдался ему на целых пять лет. И когда верилось, что найдена уже последняя в жизни, окончательная стезя, грянула в стране революция 1917, года.