Однако очень скоро Талабани обнаружил, что Хусейн его обманул и не имеет ни малейшего желания ни восстанавливать Курдистан, ни предоставлять ему автономию. Разочарованный и злой, он прекратил переговоры с правительством, пренебрег своими разногласиями с Барзани и присоединился к КДП в борьбе против режима. Таким образом, к началу 1985 года Хусейн столкнулся с весьма серьезным мятежом в Курдистане. В последней отчаянной попытке отклонить курдское (и в меньшей степени шиитское) восстание, иракский президент провозгласил всеобщую амнистию «всем иракцам, вовлеченным в деятельность, враждебную своей стране». Когда лишившиеся иллюзий курды отнеслись с пренебрежением к этому заявлению, на них обрушились поистине кошмарные репрессии. Постоянно, по мере все больших военных неудач, кампания против курдов превратилась в настоящий геноцид. Были казнены не только 8 000 «пленных», захваченных в 1983 году вместе с сотнями других членов курдской оппозиции, но правительство снова начало систематически изгонять мятежное население с обжитых мест. К концу ирано-иракской войны летом 1988 года больше половины деревень и многочисленные города в Курдистане были снесены, а их население депортировано. Около полумиллиона курдов были помещены или в легко контролируемые поселения вблизи главных городов в Курдистане, или в концентрационные лагеря в пустыне на юго-западе Ирака.
Под руководством двоюродного брата Хусейна со стороны отца, Али Хасана эль-Маджида, в этой карательной кампании против беззащитного гражданского населения широко использовалось химическое оружие, включая горчичный газ, цианид и нервно-паралитический газ табун. О первых операциях такого рода сообщалось в мае 1987 года, когда приблизительно 20 курдских деревень были отравлены газами. Через месяц несколько курдских деревень на захваченной иранской территории получили то же самое «лекарство»; 100 человек были убиты и 2 000 пострадали. Самая ужасная атака произошла в марте 1988 года, когда угроза крупного иранского прорыва в Курдистане заставила Хусейна применить газ в беспрецедентном масштабе против курдского города Халабджи. Когда плотное облако газа, разбрызгиваемого иракскими самолетами, поднялось в небо, иранцы тотчас же отправили в город телевизионные бригады, и весь мир убедился в подлинных масштабах страшного уничтожения людей. В тот день было убито пять тысяч человек — мужчин, женщин, детей и младенцев. Пострадало около 10 000 человек.
Конечно, курды были не единственными жертвами химического арсенала Ирака. Иранские войска подвергались газовым атакам еще в 1982 году. Как ни странно, Хусейн проявлял гораздо большую осмотрительность при использовании химического оружия на поле брани, чем против своего собственного гражданского населения. Химическое оружие использовалось только в крайних случаях, когда не было другого способа сдержать иранское наступление.
Та же самая осмотрительность наблюдалась и в налетах на иранские населенные пункты. Они, были ограничены в масштабах, интенсивности и продолжительности, и им обычно предшествовала предупредительная кампания, чтобы дать возможность Ирану переменить планы или эвакуировать население. Когда казалось, что ситуация выходит из-под контроля, как во время жестоких ударов против иранских и иракских городов, так называемой Первой войны городов в феврале 1984 года, Хусейн быстро достиг соглашения с Ираном не бомбить без разбора гражданское население и сравнительно строго соблюдал это соглашение. Более того, он не доводил до логического конца превосходство иракских вооруженных сил и часто отводил войска как раз именно тогда, когда его стратегия начинала давать положительные результаты. Наиболее яркой иллюстрацией этого, казалось бы, нелогичного поведения является, наверное, Вторая война городов (март и апрель 1985), когда иракская кампания была внезапно приостановлена, хотя она принесла успех, вызвав широкие демонстрации в Тегеране против иранского правительства. Стратегия Саддама сбивала с толку наблюдателей, она, казалось, шла вразрез с логикой и практикой военных действий.