XI в. был веком перемен и движений, особенно в церкви. В 1049 г. папа римский Лев IX, первый папа великого движения за папскую реформу, прибыл в область к северу от Альп и провозгласил принципы реформы на совете в Реймсе. Должность епископа должна была стать в первую очередь духовной, предназначенной не для светского вельможи, теперь ее нельзя было купить. Люди духовного звания должны были быть достойными своей профессии, что означало (по закону средневековой церкви) принятие обета безбрачия, а папство должно был стать действенным инструментом в проведении в жизнь ее законов. Среди других епископов-мирян Жоффруа из Кунанса отказался от своей епархии, но ему было позволено получить ее назад после епитимьи. Весть об этом, возможно, возымела какое-то действие на Вильгельма. Но более вероятно, что именно его растущая дружба с группой истовых церковнослужителей изменила его взгляды. В 1054—1055 гг. его не подходящий для духовной должности дядя был удален из Руана и заменен на монаха-реформатора с убеждениями космополита по имени Маврилий. Последовали и другие назначения, схожие с этим. И даже если какое-то количество церковников Вильгельма до конца его жизни были выдающимися светскими людьми, самым близким ему, начиная с 1050-х гг., был итальянский ученый Лафранк из Павии, монах и «отец монахов», великолепный ученый и бесстрашный поборник духовных норм в церкви. Лафранк полностью одобрял принципы поведения лиц духовного звания и церковную реформу, проповедуемую Львом IX, хотя он и не соглашался с требованием признать верховенство папской власти, которое выдвигали папские реформаторы, а особенно Григорий VII (1073—1085). Так что не было никакой непоследовательности в том, что, когда Лафранк стал архиепископом Кентерберийским (1070—1089), он взял на себя роль, которую исполнял св. Дунстан при дворе Эдгара. Он направлял короля, давал ему советы, возглавлял реформаторов англо-нормандской церкви, но управление страной по-прежнему было в руках Вильгельма, и Лафранк не оспаривал право Вильгельма выбирать епископов и аббатов до тех пор, пока тот выбирал подходящих людей. Когда они встретились впервые, Лафранк был настоятелем неспокойного, недавно основанного аббатства Бека. В 1063 г. Вильгельм поставил его во главе аббатства Св. Этьена в Кане, которое основал он сам. В 1070 г. он сделал его архиепископом Кентерберийским. Их дружба продолжалась и после смерти; именно Лафранк претворил в жизнь предсмертное желание Вильгельма и совершил обряд помазания и коронования Вильгельма Рыжего. Их союз раскрывает характеры обоих мужчин. Они были сильными, здравомыслящими, властными, любили деловитость и хороший порядок; они верили в себя и были рождены, чтобы править. К тому же Лафранк был итальянцем-ученым, монахом, высокообразованным человеком с непростыми взглядами. Вильгельм был безграмотным солдатом, воякой, привыкшим охотиться, жечь и грабить. В этих двух характерах встретились два разных мира и заключили необычный, но прочный альянс.
На начальном этапе эта дружба претерпела сильное потрясение: Лафранк объявил брак Вильгельма греховным. Герцог изгнал его из Нормандии и разорил некоторые поместья Бека. Но когда он собирался покинуть герцогство, Лафранк случайно встретился с герцогом, они поговорили, и состоялось примирение. В обмен он выступил в защиту Вильгельма перед папой, и в конечном итоге папа ратифицировал его брак.