В начале XV века архиепископ Толедский высказал мысль о создании колледжей для неимущих студентов и вскоре воплотил эту идею в жизнь, назвав своеобразное студенческое общежитие в честь святого Варфоломея. Позже на территории университета появилось еще несколько подобных учреждений, и первый стал именоваться большим (лат. colegio mayor), а другие – малыми (лат. colegio menores). Первые строились и существовали на средства монашеских орденов, поэтому порядки в них определялись уставом данного братства. Впрочем, благодетели не намеревались пополнять свои ряды за счет выпускников. Главной целью была забота о ближнем, старание дать способному юноше возможность развивать талант, не думая о еде, одежде и крыше над головой.
Со временем большие колледжи стали менять характер; сохранив дух религиозности, они становились все более аристократическими, в основном из-за особой системы подбора стипендиатов. Счастливчика, учебу которого брался оплачивать монастырь, все чаще выбирали из тех, кто имел хотя бы отдаленное отношение к университету, например если тот приходился родственником профессору. Получив образование, знатные выпускники Саламанки начинали борьбу за достойное место в церковном или государственном аппарате, зачастую опираясь на поддержку однокашников. Самые влиятельные «бывшие» являлись своего рода агентами. Они защищали интересы «своих» при распределении должностей, а в обмен на услугу пристраивали в colegio mayores родственников и протеже.
В рамках университетской жизни обитатели колледжа образовывали собственный круг. Все они выделялись отнюдь не скромной одеждой: накрахмаленные сорочки, чистые плащи, щегольские шапочки, превосходно сшитые плащи из тонкого сукна, бархата или шелка. Стоит заметить, что роскошные костюмы запрещались уставом 1534 года, но правила касались далеко не всех.
Выбирая преподавателя, питомцы колледжей, конечно, голосовали за кандидата, выбранного из собственных рядов. По свидетельству современников, они испытывали и часто выказывали презрение к тем, кто обучался в малых колледжах, имевших более светский характер и гораздо меньший престиж. Если в больших основное внимание уделялось фундаментальным наукам, то здесь учащиеся глубже изучали прикладные дисциплины, включая военное дело. В то время как большой колледж оставался единственным, количество colegio menores неуклонно возрастало, что никак не способствовало их авторитету. Один из них – Ирландский колледж – устраивался для притесняемых в Англии католиков-ирландцев. Его учреждением в Испании занимался архиепископ Алонсо де Фонсека. Строительство началось в 1521 году, а завершилось много лет спустя, уже после смерти отца-основателя. Впрочем, сама идея предоставить колледж ирландским праведникам принадлежала Филиппу II, удивлявшему современников своим религиозным фанатизмом. Его здание, почти вплотную примыкающее к университету, было построено по проекту архитектора Хиля де Онтанона.