В итоге самым массовым самолетом, использовавшимся в ходе Второй мировой войны в эскадрильях дальней разведки, затем стал Ju-88D. Первые шесть таких машин — Ju-88D-0 — поступили летом 1940 г. в 1-ю эскадрилью дальней разведки Aafkl.Gr. 120, базировавшуюся тогда на аэродроме Ставангер, в Норвегии. В дальнейшем немецкие конструкторы постоянно совершенствовали «Юнкере». Специально для дальней разведки были разработаны модификации Ju-88S и Ju-88T, которые развивали максимальную скорость уже до 700 км/час и обладали радиусом действия до 2500 км.
В течение первых трех лет войны число эскадрилий ближней разведки в составе Люфтваффе неуклонно росло и достигло своего пика в 1942 г. Однако затем в 1944 г. оно уменьшилось на одну треть. С эскадрильями же дальней разведки была иная картина. Максимальное их количество было в 1940 г., затем оно немного сократилось и потом в течение трех лет оставалось почти неизменным.
1 февраля 1939 г. для решения всего комплекса вопросов, связанных с разведывательной авиацией, была учреждена «Инспекция армейской авиации» (Inspekteur der Heeresflieger). Она разместилась на аэродроме Йютербог-Дамм, находившемся в 62 км юго-восточнее Берлина. Ее возглавил 47-летний генерал-майор Рудольф Богач (Rudolf Bogatsch), до этого командовавший 17-м воздушным округом. Он начал свою военную карьеру еще в 1910 г. в 6-м полку полевой артиллерии, в составе которого участвовал в Первой мировой войне и был ранен. В 20—30-е гг. Богач был командиром батареи, а также занимал различные штабные должности. 1 октября 1935 г. он перешел в Люфтваффе и в тот же день получил звание оберста. Сначала Богач служил в зенитной артиллерии, потом — в рейхсминистерстве авиации, а затем был назначен командующим воздушным округом.
На посту инспектора разведывательной авиации основными обязанностями генерал-майора Богача были:
— инспекция частей разведывательной авиации с целью проверки их боеготовности,
— установление и поддержание прямой связи между подразделениями и высшим командованием Люфтваффе,
— оценка имеющегося тактического и технического опыта, разработка тактических рекомендаций для боевых вылетов,
— контроль обучения летного и технического персонала,
— подготовка предложений по организации и совершенствованию системы управления разведывательной авиацией, а также по формированию новых подразделений,
— подготовка рекомендаций по назначениям на командные посты и контроль над всеми персональными перемещениями командного состава,
— подготовка рекомендаций по распределению вновь произведенных самолетов между действующими частями и подготовка заявок для их производства,
— тактическая и техническая оценка новых типов вооружения и оборудования, предназначенного для оснащения самолетов-разведчиков,
— подготовка предложений по совершенствованию служб управления, оценка опыта боевого использования систем связи,
— организация и ведение учета всего личного состава,
— подготовка рекомендаций по награждению,
— консультация высшего командования по всем вопросам, связанным с действиями и развитием разведывательной авиации.
Как видно из названия инспекции, она первоначально была ориентирована на тактическую разведку. Однако уже через семь месяцев такую ее «однобокость» устранили и 5 октября того же года переименовали в «Инспекцию разведывательной авиации» (Inspekteur der Aufklarungsnieger).
Схема управления действиями разведывательной авиации отличалась от общепринятой в Люфтваффе системы, когда эскадры и авиагруппы получали приказы из штабов авиадивизии, корпуса или воздушного флота. С самого начала предполагалось, что воздушная разведка в ходе боевых действий прежде всего должна была обслуживать интересы наземных войск, а значит, и получать задания от армейского командования.
Поэтому в августе 1939 г., накануне вторжения в Польшу, инспектор разведывательной авиации генерал-майор Богач получил пост «генерала Люфтваффе при Главном командовании сухопутных войск» (General der Luftwaffe beimOb.d.H.). Одновременно к штабам всех групп армий, а к штабам созданных позднее танковых групп были прикомандированы особые представители Люфтваффе в ранге генерал-майора или оберста. Они именовались «командирами Люфтваффе (Kommandeur der Luftwaffe — Koluft) при такой-то группе армий (танковой группе)». Например, Koluft Heeresgruppe A обозначало «командир Люфтваффе при группе армий „A“, Koluft Panzergruppe 1 — „командир Люфтваффе при 1-й танковой группе“ и так далее.