Однако слежка за конвоями и отрядами боевых кораблей не являлась пределом достижений Bv-138. В течение 1942 г. «Бломунд Фоссы» стали все чаще появляться над Советским Заполярьем, в глубоком тылу, над Карским морем. Здесь они проводили рандеву с подводными лодками Кригсмарине, действовавшими в этом районе, и дозаправлялись с них. Это позволяло экипажам вести разведку полярных маршрутов советских конвоев. Такие операции проводились вплоть до августа 1943 г. При этом использовалось и несколько секретных баз, созданных на советской территории. Одна из них была организована на Новой Земле, и именно оттуда Bv-138 совершили восемь разведывательных полетов на восток до полуострова Ямал, а также на Северный Урал. При этом была произведена аэрофотосъемка Воркуты, Салехарда и прилегающих к ним районов. Полученные данные затем были использованы при подготовке к высадке групп диверсантов, о которых будет рассказано ниже.
Начиная с 1943 г. экипажам Bv-138 становилось все опаснее летать днем и все труднее отбивать атаки истребителей противника. Тогда на «Блом унд Фоссе» установили поисковый радар FuG200 «Хоэнтвиль», что позволило вести разведку по ночам и в плохую погоду. Но несмотря на это, полеты морских разведчиков при постоянно возрастающем воздушном превосходстве англо-американцев становились все более рискованными.
Так, например, в мае 1943 г. на базу на озере Бискаросс, расположенном в 30 км южнее французского порта Аркашон, и всего в пяти километрах от побережья Бискайского залива, прибыли семь Bv-138 из 3-й эскадрильи Kii.Fl.Gr . 406[105]. В течение следующего месяца база Бискаросс подвергалась беспрерывным бомбардировкам и штурмовкам союзников. Несколько летающих лодок были потоплены, другие повреждены. 8 июля во время разведывательного полета над Атлантикой один Bv-138 был перехвачен и сбит истребителями «Мартлит» из 881 Sqdn. FAA, взлетевшими с авианосца «Фьюриес». Затем 28 июля еще одна лодка стала жертвой истребителей 890 Sqdn. FAA В итоге к августу в боеспособном состоянии остались только два «Блом унд Фосса». Однако, несмотря на трудности, эскадрилья продолжала действовать над Атлантикой до самой эвакуации немцев с базы Бискаросс в августе 1944 г.
Советская авиация мало преуспела в борьбе с морскими призраками Люфтваффе. Лишь иногда русским везло встретиться с ними, но такие случаи, как правило, заканчивались плачевно. Так, 4 марта 1944 г. над Баренцевым морем, в районе мыса Нордкап, сошлись Bv-138C-l WNr.0311030 «6I+AL» из 3-й эскадрильи SAGr. 130 и двухмоторный бомбардировщик «Бостон», который пилотировал Герой Советского Союза капитан А. М. Вербицкий. В ходе воздушного боя летающая лодка получила серьезные повреждения (по немецкой шкале 30%), но смогла вернуться на базу. Советский же самолет пропал без вести. Вероятно, он был подбит и совершил вынужденную посадку в море. Позднее экипаж разведчика Северного флота видел в море северо-западнее мыса Нордкап резиновую шлюпку с двумя людьми, но были ли это летчики с «Бостона», так и осталось неизвестно.
19 октября того же года с базы в норвежском порту Тромсё на разведку в восточную часть Баренцева моря вылетел Bv-138C-l W.Nr.0310135 «6I+CL» обер-фенриха Роланда Гюнтера (Roland Gunther) из 3-й эскадрильи SAGr. 130. Около 04.00 следующего дня бойцы поста ВНОС на острове Моржовец увидели летящий на большой высоте самолет, который выпустил серию цветных ракет и скрылся в западном направлении. Примерно в это же время радиоразведка Северного флота зафиксировала в этом районе работу неизвестной радиостанции. В воздух были подняты гидросамолеты МБР-2 из 53-го разведывательного авиаполка ВВС Беломорской флотилии.
После долгих поисков утром 22 октября летчики обнаружили немецкую летающую лодку, севшую на воду в 27 км к северу от Моржовца. Гидросамолеты установили наблюдение за «объектом», вызвав по рации ближайшее судно. Вскоре на место прибыл гидрографический корабль «Мгла». В 08.30 23 октября изголодавшийся и промерзший немецкий экипаж без особых проволочек сдался в плен. После этого русские задались целью отбуксировать ценный трофей на базу. В ночь на 24 октября летающую лодку взял на буксир эсминец «Жгучий». Однако довести дело до конца не удалось, на следующее утро неуправляемый «Блом унд Фосс» при сильном волнении на море стал стремительно заполняться водой и в 10.23 ушел на дно. При этом погиб инструктор политотдела Беломорской военной флотилии Житомирский, пытавшийся спасти ценный трофей.
В начале 1945 г. большинство эскадрилий, имевших на вооружении Bv-138, были переброшены на Балтийское море. Там они до самого конца войны несли патрульную службу, а также боролись против советских подводных лодок.