Уже после начала вторжения в Бельгию и Голландию в кабинет начальника РСХА были вызваны шеф гестапо Мюллер и глава внешней разведки Шелленберг. Гейдрих заявил им:
Гейдрих настаивал на тщательном расследовании под эгидой СД, но по еще соблюдавшимся тогда пресловутым «Десяти заповедям» следствием занялась военная контрразведка — отдел Абвер-III. В итоге Канарис, прекрасно знавший, как именно утекала информация, все же смог, хоть и с большим трудом, скрыть следы, которые вели в его ведомство. И Гейдриху в очередной раз пришлось ждать лучших времен и продолжать кропотливо собирать свое досье на Абвер.
Очередной случай представился в начале 1942 г. В ночь на 28 февраля на французском побережье Ла-Манша незаметно высадилась группа английских коммандос. Она напала на радиолокационную станцию FuG65 «Вюрцбург», находившуюся на мысе Антифер, недалеко от Гавра. Расчет РЛС во главе с гауптманом Фердинандом Александром фон Прейссеном (Ferdinand Alexander von Preussen) вынужден был отступить. Коммандос сняли с радара наиболее важные части и сфотографировали остальные, после чего благополучно вернулись в Англию.
Назначенное расследование, как того и хотел Гейдрих, показало серьезные промахи в маскировке и защите важных объектов, ответственность за организацию которых нес отдел Абвер-III. Кроме того, в вину военной разведке было поставлено и то, что она не смогла узнать о готовящемся рейде противника. Гитлер был в ярости от случившегося. Он потребовал от Канариса представить полную сводку о положении дел в части организации разведывательной деятельности против англичан, а также данные о том, насколько далеко они продвинулись в области создания и использования РЛС.
Как уже подробно рассказывалось выше, практически все абверовские агенты, забрасывавшиеся в Англию, вскоре попадали в руки британской контрразведки и становились двойными агентами. Так что похвастаться было практически нечем, а имевшаяся информация была крайне ненадежной. В итоге адмирал просто предпочел попросту проигнорировать распоряжение фюрера, пытаясь отговориться уклончивыми рассуждениями. Потом Вальтер Шелленберг написал в своих мемуарах:
Гейдрих получил на самом верху «добро» на концентрированное наступление на Абвер, о чем он так долго мечтал. Служба СД рьяно взялась за дело, и все шло к тому, что уже в том же году карьера Канариса оборвется. Однако судьба подарила адмиралу отсрочку, как потом оказалось, на полтора года.
Ранним утром 27 мая 1942 г. начальник РСХА и по совместительству заместитель имперского протектора Богемии и Моравии обер-группенфюрер СС Рейнхард Гейдрих, как обычно, ехал из загородного дома в свою резиденцию в старом королевском замке в центре Праги. На въезде в чешскую столицу к его открытому «мерседесу» подскочили два человека в рабочих комбинезонах. Это были Йозеф Габчик (Josef Gabcik) и Ян Кубис (Jan Kubis), прошедшие специальную подготовку в Англии и затем сброшенные на парашютах над Чехией. Один из них выстрелил в Гейдриха и его шофера, а другой бросил под машину самодельную бомбу. Гейдрих успел выстрелить в одного из нападавших, но сам был тяжело ранен осколками бомбы в грудь и живот. Несмотря на срочно сделанную операцию и усилия врачей, 4 июня он скончался в пражском госпитале.
Можно лишь гадать, не было ли покушение на Гейдриха каким-то образом инспирировано хитроумным Канарисом, постоянно ощущавшим его дыхание у себя за спиной. Тем не менее «дело Гейдриха» продолжил его преемник на посту начальника РСХА обер-группенфюрер СС Эрнст Кальтенбруннер (Ernst Kaltenbrunner). Так что к концу 1942 г. все сотрудники Абвера и все те, кто как-то был связан с Абвером, находились у СД «под колпаком».