Приговор по делу Засулич был опротестован прокурором и кассирован Сенатом. Вызванный им скандал спровоцировал изменения в законодательстве: из ведения суда присяжных были изъяты дела о неповиновении и сопротивлении властям, о насильственных действиях и угрозах в отношении должностных лиц, об оскорблении начальников подчинёнными. Словом, произошло очередное укрепление вертикали власти – вполне в духе российской бюрократии. Но главным политическим следствием преступления и оправдания Засулич стали масштабные перестановки в правящих кругах – по сути дела, полная «смена караула».
Отставки, громкие и тихие, начались уже в мае 1878 года. Первым, после длительной беседы с глазу на глаз с императором, подал в отставку министр юстиции граф К. И. Пален. Сменивший его Д. Н. Набоков провёл в Министерстве большую чистку. Среди первых уволены были товарищи прокурора Петербургского окружного суда В. И. Жуковский и А. И. Андреевский – за то, что честно отказались выступать обвинителями на процессе Засулич. При том бездарно проигравший дело Кессель благополучно остался в рядах юстиции. А. Ф. Кони, несменяемый судья, удержался в кресле председателя Окружного суда, но, по истечении судейского срока, надолго удалился от дел.
Чуть позже волны кадрового землетрясения докатились и до Министерства внутренних дел. Министр А. Е. Тимашев, орёл из Особого корпуса жандармов, отлетел в политическое небытие вскоре после Палена. Зато его враг и предшественник, матёрый чиновник и мастер бюрократических игр П. А. Валуев на короткое время вынырнул из мглы: был назначен на пост председателя Комитета министров. (Должность сама по себе скорее почётная, чем связанная с реальной властью, но к ней прилагалось председательство в Особом совещании министров по изысканию мер для укрепления государственной безопасности; название витиеватое и грозное.) Как в Министерстве юстиции, так и в Министерстве внутренних дел отставка первого лица потянула за собой изменение всего руководящего состава. Ушёл и товарищ министра князь А. Б. Лобанов-Ростовский, давний недруг Трепова. Этот сановник занимал по совместительству должность с трудновыговариваемым названием: председатель Комитета по заведыванию Домом предварительного заключения. Естественно, что начальник этого самого Дома полковник Фёдоров тоже был отрешён от должности. Обстоятельства его отставки особенно курьёзны и в то же время показательны. Он был примерно наказан за то, что выпустил оправданную, а следовательно, свободную, Веру Засулич из тюрьмы. По высочайшему повелению посажен на гауптвахту на семь суток и… одновременно представлен к ордену. При этом ему было «убедительно рекомендовано» сразу после гауптвахты отправиться в отпуск с сохранением жалованья, а по окончании отпуска подать прошение об отставке. При этом же тихонько сказано, что место отбывания семидневного наказания он может выбрать сам, и что в его послужной список соответствующая запись занесена не будет. Ясно: «он не виноват, но он виноват» – потому что должен же кто-то быть виноватым.
Странное решение своей судьбы Фёдоров выслушал из уст исправляющего должность градоначальника генерала Козлова (по иронии судьбы – носителя той же фамилии, под которой пыталась скрыть свою личность Засулич). Но сам Козлов ненадолго задержался в доме на углу Гороховой улицы и Адмиралтейского проспекта. Градоначальство вскоре тоже подверглось кадровой перетряске. Самое удивительное, что отставка и немилость постигли жертву покушения – Трепова. Надо сказать, крепкий организм шестидесятипятилетнего генерал-адъютанта быстро справился с ударом, нанесённым 24 января. Ко времени суда он уже был вполне здоров, хотя пуля, которую так и не смогли извлечь врачи, засела где-то под генеральской печенью. Тем не менее ему, сановнику, столпу империи, так же, как и скромному служаке полковнику Фёдорову, было «рекомендовано» числиться больным, затем взять отпуск «для поправки здоровья»… Понятно, от кого «рекомендация» исходила. «Поправив здоровье», Фёдор Фёдорович подал прошение об отставке. Вслед за ним ушёл Козлов, ушёл начальник Сыскного отделения, гордость и легенда русского сыска, Иван Дмитриевич Путилин. Преемником Трепова на посту градоначальника стал генерал Зуров, которого Кони, не обинуясь, называет ничтожеством.