Вести об успехах «истинного царя» проникли в осажденный Новгород-Северский и посеяли там семена смуты. Воеводе П. Ф. Басманову с трудом удалось справиться с кризисом. После отступления Лжедмитрия власти щедро наградили всех участников обороны крепости. Не были забыты ни стрелецкие дети, ни бортники, ни монахи, ни слепой старец, ходивший лазутчиком в «воровской» стан, но среди награжденных не оказалось посадских людей, комаричей. С. Ф. Платонов объяснял этот факт отсутствием сколько-нибудь значительного посада в Новгороде-Северском. Однако с таким объяснением трудно согласиться. Современники отмечали, что Басманов, прибыв в город, приказал сжечь примыкавший к крепости посад, а жителей загнал в острог. Польский дневник дает ключ к отмеченному С. Ф. Платоновым парадоксу. 28 ноября, записал автор дневника, «передалось москвы (русских. —
Начиная с 1 декабря 1604 года осаждавшие стали обстреливать Новгород-Северский из тяжелых орудий, привезенных из Путивля. Канонада не прекращалась ни днем, ни ночью. Гарнизон нес большие потери. После недельного обстрела противник сравнял стены крепости с землей — «разбиша град до обвалу земляного». Чтобы выиграть время, Басманов начал переговоры с Лжедмитрием о перемирии, будто бы необходимом для принятия решения о сдаче крепости. Мнишек и Отрепьев удовлетворили просьбу воеводы. Басманов использовал перемирие, чтобы укрепить гарнизон. 14 декабря «москвы (русских. —
Когда в Москве узнали о вторжении самозванца, Борис призвал под знамена все воинские силы государства. То была первая всеобщая мобилизация, объявленная в стране после тринадцатилетней мирной передышки. Разрядный приказ получил распоряжение собрать полки в течение двух недель. Царское повеление было повторено трижды, но выполнить его не удалось. Осенняя распутица затрудняла мобилизацию. Дворяне неохотно покидали свои сельские усадьбы. Сбор поместного ополчения отнял два месяца.
В октябре Разрядный приказ составил две росписи. Согласно первой, князь Д. И. Шуйский с тремя полками должен был выступить к Чернигову, согласно второй — к Брянску. Однако даже армию из трех полков удалось укомплектовать лишь в ноябре. Д. И. Шуйский покинул Москву и начал поход в Северскую землю только 12 ноября, «на Дмитриев день». Участник похода К. Буссов называет ту же дату. По его словам, Борис сурово наказал тех, кто уклонялся от службы. Некоторые были доставлены в полки под стражей, у других отписали поместья, третьих били батогами.
В Брянске армия сделала длительную остановку, ожидая пополнений. Туда прибыл главнокомандующий князь Ф. И. Мстиславский. Собранная в Брянске армия была разделена на пять полков.
Анализируя первые распоряжения Бориса Годунова, С. Ф. Платонов сделал вывод, что его ошибка весьма способствовала успеху самозванца. Опасаясь вторжения королевской армии со стороны Орши, царь назначил сборным пунктом для армии Брянск, одинаково близкий к Смоленску и к Орше, вследствие чего воеводы потеряли много времени. По-видимому, это не совсем верно. Брянск был выбран местом сосредоточения по той простой причине, что через этот город проходила большая дорога, издавна связывающая Москву с Северской землей.
Несмотря на все старания Разрядного приказа, главные силы русской армии смогли войти в соприкосновение с противником лишь через два месяца после начала интервенции.
Царские воеводы действовали вяло и нерешительно. Они прибыли в окрестности осажденного Новгорода-Северского 18 декабря 1604 года и провели три дня в полном бездействии. 20 декабря войска выстроились друг против друга на поле, но дело ограничилось мелкими стычками. Самозванец старался оттянуть битву переговорами, и это ему отчасти удалось. Мстиславский ждал подкреплений и не спешил с битвой.