Во времена Токугава, находясь на высоте своего привилегированного положения, хатамото и гокэнин жили в особняках, расположенных в западной и северной части замка сёгуна в Эдо. Этот величественный и роскошный замок, по сути, представлял собой огромный военный анклав, где внутренние рвы окружали особняки предводителей наиболее могущественных кланов, доказавших свою преданность сёгуну. Резиденции военных лидеров рангом пониже располагались ближе к периферии этого огромного сооружения, но все равно в пределах территории, защищенной внешними рвами. Те прямые вассалы, которые имели дозволение или приказ разместить свои резиденции и наблюдательные посты за пределами Эдо, обычно жили на расстоянии одного дня пути от центрального замка, благодаря чему они могли быстро откликнуться на призыв сёгуна.
Структура правительства Токугава (таблица 4) имела следующий вид: совет из четырех или пяти старейшин (родзу), которые избирались из самых могущественных даймё категории фудаи, имевших собственные замки, где часто председательствовал Великий старейшина (тайро); совет младших старейшин (вака-досиври), также избиравшихся из фудаи, но тех, кто не имел собственного замка; управляющие храмами и часовнями (дзися-бугё); управляющие финансами (кандзо-бугё), городские судьи (мати-бугё), которые входили в состав верховного суда (хёдзосё) и могущественные цензоры (мэцукэ), которыми руководил Великий цензор (о-мэцукэ). Под этими органами размещалась широкая масса исполнителей, включавшая упоминавшихся ранее хатамото и гокэнин, сборщиков налогов (дайкан) и полицейские силы. Последние несли службу в районах Эдо и состояли из стражников (ерики), полицейских (досин), патрульных (оккапики) и официальных надзирателей, которьге контролировали наиболее важные точки в городе. Надзиратели над военными резиденциями (цудзибан) разделялись в соответствии с областями, вверенными им для наблюдения: надзиратели кварталов хатамото (кумиай-цудзибан), надзиратели кварталов даймё (даймё-цудзибан) и прямые надзиратели правительства (когы-цудзибан). Кварталы простолюдинов имели своих собственных надзирателей (дзисимбан) и стражников у ворот (бантаро), которые в десять часов вечера закрывали ворота, расположенные в конце каждой городской улицы, после чего никто не мог через них пройти без разрешения властей.
В 1600 году Иэясу начал раздавать земельные участки в Эдо и его окрестностях своим наиболее преданным вассалам, которые впоследствии имели там две или более официальные резиденции. Размер этих участков измерялся в нубо — мере площади, примерно равной 36 квадратным футам, — и он варьировался от 90 000 квадратных футов для феодальных правителей низшего ранга до 252 000 квадратных футов для самых высокопоставленных и могущественных среди них.
Лидеры лояльных сёгуну военных когорт жили в роскошных, хорошо укрепленных особняках, расположенных в пределах города и разбросанных по окружающей его местности. Все даймё были обязаны иметь собственный особняк в Эдо, где им приходилось проводить большую часть времени и где они оставляли ближайших членов семьи (жен, сыновей и т. д.), когда отправлялись проведать свои лены. Эти особняки (ясики) обычно строились в соответствии с древним военным планом укрепленного лагеря — в самом центре палатка генерала в окружении палаток его офицеров, а по внешним границам — палатки простых воинов. Провинциальные замки феодальной Японии строились по такой же схеме, и главная цитадель в них размещалась в центре, а окружавшие ее бараки воинов были вытянуты вдоль внешних стен.
Частные особняки в Эдо представляли собой слегка модифицированную версию того же самого плана, с длинными, непрерывными зданиями (нагайя), построенными так, чтобы полностью окружать сад и центральный дворец феодального правителя. Эти здания имели прочные внешние стены и ряды укрепленных окон со стороны улицы. В них обычно размещались казармы воинов и их оружейные. На главную улицу выходили центральные ворота (схмон, омотэмон), чьи огромные створки широко распахивались лишь по особым случаям. В обычные дни все движение осуществлялось через меньшие по размерам ворота (передние (цуёмон), задние (урамон) и маленькие проходы, называвшиеся хидзёмон, ёдзингути и кугири), которые вели в узкий дворик, зажатый между караульными помещениями, где