Ёритомо основал свой центр военного командования, известный как полевая ставка или палаточный штаб (
После смерти Ёритомо в 1199 году власть клана Минамото перешла к семье Ходзё, члены которой, будучи вассалами Тайра, укрывали его в Идзу и впоследствии были щедро им вознаграждены [6]. Они проявили себя как умелые государственные деятели, искусно маневрируя, чтобы подавить бунт придворной знати в 1221 году, реорганизовать порядок наследования престола и правила избрания придворных чиновников, перераспределить конфискованные земли между феодальными правителями, издать один из первых феодальных сводов законов («Дзёэй сикимоку»), реформировать механизм управления и сбора налогов в стране, собрать кланы для отражения монгольского нашествия в 1274 и 1281 годах, развивать искусство и литературу (в основном эпического и военного содержания) и способствовать распространению буддистской школы Дзен, чья аскетическая простота мысли и действия оказалась по вкусу прагматичной душе воина.
Однако усилия, предпринятые для отражения нашествия монголов, серьезно опустошили финансовые ресурсы феодальных правителей, и началась новая эра изменения существующего порядка землевладения: торговцам было запрещено требовать уплаты задолженности с воинов; новые и старые земли были насильственно присвоены государственными чиновниками, которые объявили себя владельцами территорий, ранее переданных под их контроль; сильные землевладельцы расширяли свои поместья за счет слабых соседей.
В это смутное время император Годайго попытался объединить недовольных феодалов против правительства Камакура. После нескольких попыток и с помощью Такаудзи из клана Асикага (изначально посланного против него властями Камакура) в 1334 году. Годайго сумел в определенной степени восстановить императорскую власть.