Позднее португальские и испанские хроникеры с возмущением писали, что Адамс представил в глазах Иэясу папу римского и испанского короля как двух самых страшных разбойников на свете, и называли моряка самым «ужаснейшим еретиком, какого только можно себе представить». Такую репутацию он заслужил за нескрываемую неприязнь к римскому католицизму, и, видимо, по меркам того не толерантного времени это было действительно так.
В 1614 году в Урага произошел забавный случай с одним самоуверенным молодым францисканским монахом, который попытался взять верх над непокорным еретиком. Этот монах в одной из своих душеспасительных бесед с Адамсом старался убедить его, что искренняя вера может творить чудеса. Адамс с презрением высмеял его, и тогда монах, чрезвычайно задетый таким отношением, необдуманно пообещал воочию доказать неопровержимость своих слов. На вопрос, как он собирается это сделать, монах ответил, что пройдет по морю, аки посуху, и докажет всесильность истинной веры. Скептически настроенный Адамс, рассмеявшись, спросил о дате и месте представления, которое он был бы не прочь посмотреть. Монаху пришлось назначить время для своей «морской прогулки». Известие об этом молниеносно разнеслось по округе, и когда в назначенный час монах пришел на берег моря, там, кроме Адамса, собрались целые толпы любопытных.
Надо отдать должное мужеству монаха, отстаивавшего свои убеждения, – он сдержал слово и появился на берегу с большим деревянным крестом. С благоговением приложившись к нему, он торжественно вошел в море под любопытными взглядами собравшихся. Но, увы, святому отцу так и не удалось пройти по волнам – он тотчас же погрузился в пучину. Монах наверняка утонул бы, не подоспей друг Адамса Мельхиор ван Сантворт, который вскочил в лодку, поплыл за ним и вскоре выудил поборника истинной веры из воды. На следующее утро Адамс пошел навестить незадачливого монаха, дабы осведомиться, как тот себя чувствует после купания. Его ждал довольно холодный прием. Монах продолжал упорствовать в своей теории чудес, утверждая, что чуда не произошло лишь по вине Адамса, чье неверие испортило все дело.
Подобный религиозный фанатизм не мог не беспокоить Иэясу, который исповедовал традиционную японскую религию, считал ее основой для поддержания общественного и политического порядка в стране и опасался, что распространение новой веры может подорвать власть сёгуната. Кроме того, ему не давал покоя рассказ Адамса о том, как испанский король использует иезуитов и францисканских монахов для завоевания других стран. Несмотря на твердую уверенность в неуязвимости Японии, Иэясу беспокоили те последствия, к которым могла привести религиозная активность испанцев и португальцев, и в конце концов он решил с ней покончить.
В 1614 году Токугава Иэясу отдал приказ всем миссионерам-христианам покинуть Японию, а их церкви закрыть. Под угрозой смерти он запретил японцам исповедовать христианство. Однако он не слишком рьяно проводил свой указ в жизнь, опасаясь, что это может помешать торговле с испанскими колониями. Настоящие гонения на христианство начались позднее.
Между тем руководство Ост-Индской компании, получив сведения о том, что в Японии живет Уилл Адамс, отправило туда английский корабль под командованием капитана Сэриса. В инструкции, выданной ему, указывалось: «…желательно, чтобы, прибыв в Японию, Вы нашли удобную и безопасную гавань, где можно было бы вести торговлю, предложив для продажи ткани, свинец, железо и другие наши отечественные товары, и постарались бы при этом выяснить, какие товары пользуются там наибольшим спросом… а также поговорить и посоветоваться с представителями других факторий, в особенности с Уильямом Адамсом, англичанином, который в настоящее время проживает в этой стране и, как мы слышали, пользуется неограниченным расположением короля. В частности, крайне важно выяснить у него, каким образом можно вручить письма Его Величества, которые мы с Вами посылаем, какие и кому преподнести подарки, кто должен их вручать и как вообще должна происходить эта церемония… Далее, если вышеупомянутый Уильям Адамс, хорошо знакомый с жизнью и обычаями этой страны, заверит Вас в успехе предприятия и гарантирует его безопасность со стороны королевской власти, и если Вы будете уверены, что товары Компании найдут хорошего покупателя и принесут немалый доход, то с согласия Ричарда Кокса и других представителей Компании, находящихся на борту Вашего судна, можете основать там факторию, оставив в Японии на Ваше усмотрение наиболее подходящих представителей Компании для организации предприятия, а также необходимое количество товаров для налаживания торговли и функционирования фактории… Кроме того, в том случае, если Уильям Адамс перед Вашим отплытием из Японии обратится к Вам с просьбой отвезти его на родину, чтобы навестить жену и детей, предоставьте ему удобную каюту и обеспечьте, насколько это возможно, всем необходимым…»