Вскоре после этого Адамс решил прекратить деловые отношения с Ост-Индской компанией. По условиям подписанного 24 декабря 1613 года контракта он обязывался служить компании в течение двух лет, но когда формальный срок договора истек, Адамс продолжал свою деятельность в интересах компании, хотя никакого официального продления контракта не было. Но условия службы устраивали его все меньше и меньше, и в итоге его сотрудничество с ней закончилось. Между тем его положение в Японии тоже пошатнулось. Хидэтада заявил, что не предоставит англичанам больших привилегий, чем те, которыми пользуются прочие иностранцы в Японии, и ограничил английскую торговлю портом Хирадо. В дополнение к этим неприятностям советники сёгуна сообщили Адамсу, что Хидэтада не будет отвечать на письмо короля Якова I, поскольку оно адресовано его отцу Иэясу, который к тому времени уже скончался. Подобные неудачи могли бы сломить любого, но только не такого стойкого человека, как Адамс. Он с подлинно японским стоицизмом и настойчивостью продолжал оставаться при дворе, почтительно умоляя сёгуна: если он не может даровать привилегию неограниченной торговли, то пусть, по крайней мере, будет настолько благосклонен, чтобы выдать англичанам два разрешения на торговлю (госён): одно – для плавания в Сиам, а другое – в Кохинхину. В конце концов настойчивость Адамса принесла свои плоды, и Хидэтада согласился выдать два таких разрешения. Правда, Хидэтада оставил за Адамсом статус японского вельможи и торговые ограничения на него не распространялись. Поэтому Адамс продолжал собственноручно покупать и продавать товары по всей Японии и время от времени, делая одолжение своим старым друзьям, провозил также товары Ост-Индской компании и продавал их, выдавая за свои собственные.
Из бухгалтерских книг, которые вел Ричард Кокс в Хирадо, можно увидеть, что с декабря 1617 года по март 1618 года Адамс очень помог Ост-Индской компании в сбыте ее товаров в разных частях Японии; кроме того, он собирал для компании долги в Киото и других местах. Причем Уильяму Адамсу, ради того чтобы помочь фактории в Хирадо, часто приходилось идти на значительный риск. Так, в декабре 1617 года он воспользовался своими связями с японским губернатором города Сакаи, чтобы добиться от него разрешения купить большое количество оружия и амуниции для отправки через Ост-Индскую компанию в Сиам. Подобные торговые сделки были весьма выгодны, но в то же время и крайне опасны, поскольку сёгун строго-настрого запретил экспорт оружия и снаряжения из Японии.
И все же произошел случай, который свидетельствует о том, что, хотя Хидэтада лично не питал добрых чувств к Адамсу, в какой-то мере он сохранял суеверное уважение к бывшему поверенному своего отца. Пока Адамс ожидал при дворе ответа на очередную просьбу о разрешении на выезд, в небе над Токио появилась комета, и Ходэтада был так напуган этим знамением, что призвал к себе Адамса и попросил истолковать его смысл. Адамс сказал, что кометы – это предвестники войны, но тут же поспешил заверить сёгуна, что в данном случае войны произойдут в Европе, а не в Японии. (Удивительно, но это случилось в том самом 1618 году, когда в Европе действительно началась опустошительная Тридцатилетняя война!)
Хотя Адамс пытался воспользоваться этой неожиданной аудиенцией для того, чтобы вновь обрести расположение сёгуна, он в итоге все-таки потерпел неудачу, поскольку Хидэтада больше уже никогда не обращался к нему за советом. Время, когда этот англичанин имел огромное влияние в Японии, безвозвратно прошло.
16 марта 1619 года, приблизительно месяца через три после посещения двора сёгуна, Адамс вновь ушел в плавание, которое на этот раз оказалось для него последним. Вернувшись из него, он почувствовал, что болен, и, проболев какое-то время и ощущая скорый конец, пригласил двух служащих фактории в качестве душеприказчиков. Завещание, которое у него хватило сил продиктовать и подписать начиналось так: «Во имя Господа Бога, аминь. 16 мая 1620 года. Я, Уильям Адамс, моряк, который прожил в Японии 18–20 лет, будучи телесно больным, но в здравом уме, – да воздадим хвалу всемогущему господу, – делает настоящее завещание, содержащее мою последнюю волю, в следующей форме и порядке. Во-первых, я вверяю свою душу всемогущему Господу, моему создателю и избавителю, с надеждой, что любящий его сын заслужил вечную жизнь. Далее завещаю, чтобы мое тело было предано земле, откуда оно и произошло.