В течение первых месяцев 1468 г. не было сколь-либо крупных стычек, однако, как это ни странно, войне Онин суждено было продлиться еще девять лет. Обгоревшие руины, оставшиеся на месте Сёкокудзи, были отбиты, и люди Хосокава совершили вылазку, нарушив коммуникации Ямана. С апреля военные действия перешли в состояние окопной войны: противники взирали друг на друга из за баррикад и с укрепленных позиций. Нейтральная территория представляла собой полосу обгорелых досок постепенно зараставших травой, разрезанную надвое траншеей метров семи в ширину и около трех метров глубиной. Ямана надеялись уморить Хосокава голодом и, казалось, были близки к этому, так как контролировали семь из восьми ведущих в город дорог. Но это не производило на врага должного впечатления.
Шли месяцы, время от времени то одна, то другая сторона совершали вылазки, Хосокава обстреливали позиции противника из катапульт. За линией обороны знатные самураи развлекались сочинением стихов и постановкой китайских драм. Все основные сражения 1468 г. происходили на окраинах города, а на главном фронте все было относительно спокойно. Монастырь Тэнрюдзи в пригороде Киото пал жертвой одной из окраинных стычек.
Месяцы превратились в годы, и затянувшаяся война надоела даже огнедышащему Красному Монаху. Хосокава тоже был весьма склонен начать мирные переговоры, однако между ними встало ими же порожденное и взлелеянное чудовище. Война Онин начала жить своей причудливой и страшной жизнью, и никакие их усилия не могли ее остановить. Военные действия перекинулись в провинции, их союзники и вассалы были настолько охвачены эйфорией войны, что перемирие стало невозможным. Было набрано такое множество асигару, что ни одна из армий точно не знала, какое идет сражение и где. Отчаявшись, Хосокава намеревался уйти в монахи, а Ямана подумывал о харакири. Избавление от всех забот наступило, однако, раньше, чем можно было ожидать, ибо Красный Монах умер 16 мая 1473 г., а в следующем году, 6 июня, за ним последовал Хосокава. Оути Масахиро стал главнокомандующим западного войска, которое наконец стало чувствовать клеймо "мятежников". В конце концов, в ночь на 17 декабря 1477 г. небо над Киото озарилось пламенем, когда западная армия подожгла свои позиции и растворилась в ночи, поставив столицу Японии "в один ряд с Ниневией и Тиром".
Самураи ушли, а на смену им пришла чернь. Банды мародеров, среди которых было множество асигару, продолжили начатое дело, захватывая кварталы, которые пощадила война. Они вламывались в монастыри, и их колокола звонили днем и ночью, возвещая горожанам о присутствии черни. Снова грабили ростовщиков. Толпа врывалась в лавки торговцев сакэ, запасы распределялись среди грабителей, и дело заканчивалось всеобщей массовой попойкой.
Читатель, может быть, спросит: а что же делал сёгун Ёсимаса - чей титул, в конце концов, означает "главнокомандующий, покоряющий варваров" чтобы как-то облегчить положение? Не будет преувеличением, если сказать: пока Киото горел, Ёсимаса играл на флейте. Ему не удавалось отречься от должности сёгуна до 1474 г., и, поскольку Ёсихиса тогда исполнилось всего девять лет, он продолжал править. Его желание отгородиться от реальности, столь заметное в начале войны Онин, не ослабевало и в последующие годы, и в конце войны он предпринял строительство "величественного здания для увеселений" на Хигасияма, холмах к востоку от Киото. Этот архитектурный комплекс включал Гинкакудзи, или Серебряный Павильон, построенный в подражание Золотому Павильону его деда. Серебряным листом его так и не покрыли, ибо деньги кончились прежде, чем здание было закончено. Оно стоит как памятник той трагической эпохе, точно так же как Золотой Павильон символизирует предшествующий период. Пока Ёсимаса устраивал там пиры, поэтические состязания, любовался цветами и совершенствовал чайную церемонию, последние остатки власти Асикага ускользали из его рук.
В 1485 г., в тот самый год, когда в Англии пришла к власти династия Тюдоров, проявились первые признаки того, что ожидало Японию в ближайшем будущем. Сражения, вызванные войной Онин, были особенно ожесточенными в провинции Ямасиро, где столкнулись интересы двух ветвей семейства Хатакэяма. Их армии зашли в тупик и сидели друг против друга, пожирая реквизированные у сельского населения запасы. В 1485 г. дзи-самураи и местные крестьяне толпами дезертировали из противоборствующих армий. Они построили собственный укрепленный лагерь, откуда послали их командирам ультиматум, включавший три требования: 1. Обе армии должны немедленно покинуть Ямасиро.
2. Все имения должны быть возвращены их владельцам.
3. Все заставы, взимающие пошлину, должны быть снесены.