Рассмотрев кодовую фразу до мельчайших деталей с помощью лупы, он пришел к выводу, что каждая ее буква состоит из штрихов. Буквы, которые невооруженному глазу кажутся одинаковыми, на самом деле составлены из отдельных черточек и несут разный смысл, являясь сочетаниями сразу нескольких символов. Ньюболд продублировал все символы в этих сочетаниях, кроме первого и последнего. Видоизмененные таким образом сочетания были разбиты на буквенные пары, каждая из которых была заменена на определенную букву латиницы. При этом Ньюболд обращался с заменами вольно, подставляя при необходимости различные буквы, соответствующие похожим звукам, d и t например.
Но и это не все. Чтобы добраться до цели, Ньюболд применил к полученному после всех преобразований тексту метод анаграммы, то есть перестановки букв местами, и получил окончательный текст на латыни. Результат расшифровки Ньюболд назвал «Opus Magnum» Роджера Бэкона (не путать с Фрэнсисом Бэконом, известной фигурой эпохи Возрождения), францисканского монаха и ученого, жившего в XIII веке. Согласно Ньюболду, Роджер Бэкон обладал знаниями, опередившими свое время на несколько столетий. Текст описывал строение внутренних органов человека, клеток, сперматозоидов, а также затмение Солнца и строение туманности Андромеды.
Результат был сенсационным, а решение — необычайно сложным, запутанным и странным. А главное, оно было противоречивым и содержало множество плохо аргументированных допущений и предположений. Сам Ньюболд признавался, что каждый раз, расшифровывая текст заново, он приходил к новому результату. Крах исследования наступил в 1931 году, через пять лет после смерти Ньюболда. Британский криптолог Джон Мэнли, поначалу поддержавший решение американца, опубликовал статью, в которой доказывал, что мелкие штрихи, казавшиеся Ньюболду носителями скрытого смысла, появились из-за старения и сопутствующего растрескивания чернил.
Помимо этого, Мэнли продемонстрировал, что предложенный механизм расшифровки позволяет преобразовать текст Войнича практически в любое желаемое сообщение. В качестве примера Мэнли «расшифровал» один из отрывков текста как «Paris is lured into loving vestals», что можно перевести как «Париж соблазнен влюбленными девами».
После появления статьи Мэнли решение Ньюболда было отвергнуто, а его самого стали считать чудаком, одержимым манускриптом. Тем не менее на сегодняшний день публикация Ньюболда остается единственной досконально разработанной расшифровкой всего текста с осмысленным результатом и у нее есть свои приверженцы.
Ньюболд был не первым, кто «попробовал на зуб» манускрипт Войнича. После приобретения книги коллекционер разослал ее копии нескольким экспертам для расшифровки. В их числе был и Мэнли, который служил в американской разведке и во время Первой мировой, как и Ньюболд, зарекомендовал себя с самой лучшей стороны. Другим известным криптологом, пытавшимся найти решение, был Герберт Ярдли, американский эксперт, руководивший Мэнли. Ярдли известен тем, что расшифровал японский дипломатический код. Однако усилия этих и других не менее достойных господ оказались тщетными.
Сложность задачи, которую поставил манускрипт Войнича перед криптоаналитиками, можно оценить, если сопоставить две истории XX века: история успехов выдающихся криптоаналитических талантов в разведывательной борьбе во время обеих мировых войн и история неудачных попыток разгадать манускрипт. Часто триумфаторы и неудачники оказывались одними и теми же людьми.
Разгадка японского кода PURPLE — один из самых известных эпизодов криптологического противостояния Второй мировой войны. Руководителем группы американских криптоаналитиков был уроженец Кишинева Уильям Фридмен, которого называют одним из самых выдающихся криптологов за всю историю. К концу войны ему удалось даже создать копию японской шифровальной машины, ни разу ее не видя.