Дело длилось более двух лет, но в конечном итоге было вынесено решение признать Зиновьева виновным в злоупотреблении служебным положением и клевете на Хабарова. Зиновьев был предупрежден, что в случае повторного инцидента подобного рода он может быть подвергнут смертной казни.
Хабаров попытался вернуть и свое имущество, присвоенное Зиновьевы, но сделать это ему не удалось. Часть имущества уже исчезла, а остальная часть являлась такой спорной, что идти ради нее «на правеж», т.е. под пытку, Хабаров не хотел.
Чтобы хоть как-то вернуть потерянное, Хабаров подал челобитную царю Алексею Михайловичу с описанием всех своих дел на Амуре. Он просил о «поверстке» его в «чин, какой он пригодится». Хабаров хорошо усвоил урок, полученный им на Амуре, когда приказные дьяки пытались обвинить его и бывшего начальника — Францбекова в самоуправстве, т.е. предоставлении Хабарову полномочий, несвойственных его чину.
Сибирский приказ принял решение о «поверстке» Хабарова в дети боярские, это было большой редкостью для Сибири, поскольку ранее Хабаров не занимал должности ни в стрелецкой, ни в казачьей службе. Он получил назначение в Илимск и был вынужден расстаться с мечтой вернуться на Амур.
К этому времени Сибирский приказ принял решение об организации Амурского воеводства, первым воеводой которого был назначен А. Пашков. Хабаров принял непосредственное участие в составлении наказной грамоты для нового воеводы, где поделился собственным опытом, накопленным во время пребывания на Амуре.
Летом 1658 года Хабаров приехал в Илимск, где поселился на Киренге в собственной деревне. Но лишь только он стал осваиваться на Киренге, как из Сибирского приказа в Якутск пришла грамота, обвиняющая Хабарова в сокрытии на Тугирском волоке большого запаса пороха и свинца, спрятанного им здесь при поездке в Москву. Якутскому воеводе М. Ладыженскому предписывалось препроводить Хабарова под конвоем к Тугирскому волоку и при обнаружении государевой казны доставить ее в Нерчинск к воеводе Пашкову. В противном случае Хабарова предписывалось доставить под конвоем в Якутск для дачи объяснений.
Однако государеву казну (свыше 80 пудов) найти не смогли и Хабаров был доставлен в Якутск. С большим трудом ему удалось объяснить Ладыженскому, что спрятать один такой большой груз он никак бы не смог, и тогда воевода решил предъявить Хабарову долговые обязательства за средства, взятые в казну за экспедиции 1648–1650 годов.
Но платить Хабарову было нечем, Ладыженский отписал в казну чечуйскую мельницу, чем несколько снизил долговые обязательства Хабарова. Затем по указанию воеводы была захвачена часть покрученников Хабарова, у которых в качестве долга были взяты добытые соболя. Самому Хабарову угрожали поставкой на правеж и последующей конфискацией деревни Хабаровки.
Ему удалось добиться разрешения выплачивать долг в казну частями в виде поставки в казну хлеба. Ладыженский же обязался не задерживать покрученников Хабарова и не посягать на добытых ими соболей. Хабарову также удалось найти в Илимске людей, согласившихся нести за него материальную ответственность и предоставивших соответствующие поручные записи.
Мечта вернуться на Амур никогда не оставляла Хабарова. И когда в октябре 1666 года на воеводство прибыл С.О. Аничков (Оничков) он обратился к нему с просьбой отпустить его в Даурию. Но Аничков не спешил брать на себя ответственность за это назначение и посоветовал Хабарову обратиться с этой просьбой к Тобольскому воеводе князю П.И. Годунову, который мог самостоятельно решить это дело.
Тобольский воевода проводил широкие преобразования в Сибири, пытаясь улучшить там как административное, так и хозяйственное управление. Ему принадлежит инициатива в составлении первой генеральной карты Сибири.
Хабаров предложил князю Годунову свой план. Тобольский воевода предоставляет ему полную инициативу на Амуре, а сам Хабаров за свой же счет собирает экспедицию из ста человек и за свой счет обеспечивает ее продовольствием. По пути его люди основывают новые города и заводят хлебные пашни.
Но при всей привлекательности подобной идеи князь Годунов не рискнул взять на себя ответственность, справедливо опасаясь, что за Хабаровым в Даурию потянется множество людей, что в свою очередь приведет к уходу людей из других, уже обжитых, районов Сибири.
Тобольский губернатор посоветовал Хабарову выехать в Москву, куда недавно он сам отправил собранный ясак, и там доложить свои соображения в Сибирском приказе.
Однако и там Хабарову не удалось ничего добиться, поскольку еще с 1663 года руководство Сибирским приказом сменилось и новые дьяки даже не знали имени Хабарова. Сибирский приказ принял решение лишь о повышении Хабарову жалования, но все его остальные просьбы оставил без последствий.
Хабаров вернулся в свою деревню на Киренгу, где и скончался в феврале 1671 года.