Однако в реальной поддержке Шелехову было отказано, поскольку в это время Россия вела войну с Турцией и Швецией и новых сил в Русскую Америку отвлечь было нельзя.
В начале 1789 года Шелехов возвратился из Петербурга в Иркутск и стал готовиться к новому мореходному сезону. Он решил создать еще одну промысловую компанию подобно «Северо-восточной американской». Новую компанию он назвал «Предтеченекой», по имени судна, снаряжаемого в плавание. Целью новой компании стало основание новых постоянных русских поселений на Алеутских островах и островах Прибылова.
Одновременно он стал искать замену Деларову, жившему на Кадьяке уже пять лет. Такой кандидатурой оказался каргопольский купец А.А. Баранов, обративший на себя внимание своим знанием дела. Баранов ответил согласием и в августе 1790 года отбыл в Америку.
А сам Шелехов занялся организацией третьей компании, поселения которой должны были разместиться на Уналашке, и потому само название компании стало «Уналашкинская».
Летом 1791 года на Кадьяк было отправлено построенное судно.
В 1793 году Шелехов организовал «Северо-американскую» компанию. Ее поселения должны были расположиться на островах Берингова моря и северном побережье Аляски, где Шелехов предполагал сделать новые открытия. Прежде всего он намеревался открыть проход в Бюффонов залив.
Однако интересы Шелехова не ограничивались лишь поселениями в Русской Америке, он также собирался отправлять свои корабли в Китай, Калифорнию, Индию… Эти корабли уже строились на Аляске. Особое внимание Шелехов уделил Курильским островам, чему способствовал следующий случай.
В 1783 году к Алеутским островам занесло судно с девятью японскими моряками. Все они были спасены, отправлены на Камчатку, а затем поселены в Иркутске. Здесь они прожили несколько лет, после чего Шелехов выступил перед правительством с ходатайством о возвращении японцев на родину, доказывая при этом, что такая акция поможет установить торговые отношения с Японией. Он сам разработал программу экспедиции, подобрав для нее людей и включив в ее состав «для практики в навигации» двух молодых эскимосов, обучавшихся в Иркутске.
Несмотря на то что торговых отношений с Японией установить не удалось, экспедиция собрала о ней много интересных сведений. Разумеется, не обошла они вниманием и Курильские острова, на самом южном из которых в 1795 году было основано первое постоянное поселение. Сюда были отправлены 20 промышленников и четыре семьи сибирских хлебопашцев.
И все же главной заботой Шелехова по-прежнему оставались поселения Русской Америки. Он по-прежнему посылал на Кадьяк корабли со скотом, семенами, сельскохозяйственными орудиями и книгами для поселенческой школы.
Шелехов мечтал, что центр поселения будет иметь широкие, прямые улицы и площади «для публичного собрания». На выездах с площади должны быть выстроены редуты с высокими башнями, украшенными российскими гербами.
В ноябре 1794 года Шелехов подал иркутскому генерал-губернатору рапорт, в котором, основываясь на уже имеющемся у него опыте, выдвинул ряд новых проектов по изучению Сибири и развитию мореплавания на Тихом океане, а также предложение приступить к исследованию бассейна Ледовитого моря, чтобы отправлять суда из устья рек Лены, Индигирки и Колымы прямо к берегам Америки.
Он уже думал об основании нового порта вместо неудобного Охотска. Новый порт должен был находиться недалеко от Амура и Байкала.
Зимой и весной 1795 года Шелехов стал готовить новую экспедицию к японским берегам, но 22 июля 1795 года скончался в возрасте 48 лет. Он был похоронен в Знаменском монастыре Иркутска. На его смерь Г.Р. Державин, хорошо знавший первооткрывателя Русской Америки, писал:
В 1903 году на родине выдающегося русского мореплавателя на Красной площади Рыльска был открыт памятник Григорию Шелехову (скульптор И. Гинцбург), средства на его содержание были собраны по всероссийской подписке. Однако уже в 1928 году памятник был разрушен и восстановлен лишь в 1957 году (автор — скульптор В. Ингал). На гранитном постаменте возвышается фигура Шелехова, одетого в форму морского офицера XVIII века. В руке мореплавателя — подзорная труба.