Лишь спустившись на берег в Уналашке и пробыв там некоторое время, ему удалось поправить здоровье, сам «Рюрик» также был отремонтирован. 29 июня направился к острову Св. Лаврентия. По пути он сделал остановку на островах Св. Павла и Св. Георгия. Поскольку Берингово море на севере еще было покрыто льдом, Коцебу поставил «Рюрик» у восточного берега острова Св. Лаврентия.
В здоровье Коцебу наступила резкая перемена к худшему. Он уже не мог находиться на сыром и холодном воздухе, и это заставило его объявить всему экипажу о вынужденном решении отказаться от продолжения плаванья на север. Впоследствии Коцебу писал, что «минута, в которую я подписал эту бумагу, была одной из горестнейших в моей жизни».
Несмотря на то что в данной ему инструкции Коцебу должен был обратный путь совершить через Торресов пролив, он не решился проделать его на бриге, нуждавшемся в срочном ремонте. Коцебу решил зайти в ближайшую гавань, где он смог бы починить корабль. Такой гаванью могла стать Манила.
18 августа «Рюрик» отошел от Уналашки и 1 октября прибыл на Гонолулу, где простоял несколько дней.
Вслед за тем бриг пошел к Маршалльским островам. По пути «Рюрик» едва не напоролся на рифы и не погиб. Однако Коцебу не только смог спасти «Рюрик», но и определил точное местоположение островов Джонстон. 31 октября бриг вошел в лагуну группы Румянцевых островов.
Затем Коцебу повел «Рюрик» на запад. По пути он открыл группу островов Гайдена и теперь надеялся открыть острова, входящие в цепь Ралик. Ночью «Рюрик» пересек эту цепь, однако ни один из островов обнаружен Коцебу не был. Не задерживаясь здесь далее, «Рюрик»направился на остров Гуам, куда и прибыл в гавань Ла-Калдера 23 ноября. 17 декабря бриг прибыл на Маниллу в порт Кавите.
Здесь «Рюрику» был произведен основательный ремонт, и запасшись продовольствием, в конце января 1818 года он вышел из порта Кавите.
При подходе к Зондскому проливу, пересекая Индийский океан, на «Рюрик» было совершено нападение малайских пиратов, однако благодаря распорядительности Коцебу, оно было успешно отражено, и 30 марта «Рюрик» бросил якорь в Столовой бухте.
26 апреля «Рюрик» подошел к острову Святой Елены, где в это время находился в ссылке Наполеон. Однако побывать на этом острове Коцебу не пришлось, и бриг даже был обстрелян с британских военных судов. Коцебу повел «Рюрик» дальше. По пути он определил долготу острова Вознесения и в четвертый раз в ходе своего плавания пересек экватор.
16 июня бриг прибыл в Портсмут, где простоял пять дней. Затем он взял курс к родным берегам. 22 июля «Рюрик» прибыл в Ревель, а 3 августа бросил якорь на Неве, против дома графа И.П. Румянцева.
Несмотря на то что часть инструкции, данной Коцебу, оказалась невыполненной, поскольку экспедиции ставилась задача дойти до мыса Лисберн и постараться узнать направление берега за мысом Айс-Кейп, все сделанное им тем не менее было значительным вкладом в историю исследования Аляски. Свыше трехсот миль восточного берега Аляски наконец получили на карте очертания, близкие к современным.
Немалая заслуга принадлежит Коцебу и в исследованиях низких широт Тихого океана. После его плавания некоторые острова были вымараны с карты, а другие заняли на ней более точное место.
Все открытия Коцебу в цепи Радао можно считать именно его открытиями, поскольку в этом месте предшественников у Коцебу не было.
По возвращении из плавания Коцебу получил отпуск, во время которого он написал отчет о своем путешествии, вышедший в 1821 году отдельной книгой. Несколько лет он прослужил на Балтийском море и в 1823 году был назначен командиром транспорта.
Впереди его ожидало новое плавание.
Для снабжения поселенцев Русской Америки из Балтийского моря ежегодно посылалось одно военное судно с грузом, которое после доставки продовольствия и необходимых населению припасов вставало на рейд вблизи колоний Российско-Американской компании для борьбы с браконьерами и контрабандистами, а также в целях предотвращения возможных восстаний индейцев-колошей, как это случилось в 1805 году.
Именно для выполнения этих функций и был построен шлюп «Предприятие». Но император Александр I приказал послать для сопровождения этого грузового корабля и крейсерства у берегов Русской Америки еще и фрегат.
Незадолго до отправления туда «Предприятия» Коцебу получил назначение на должность командира шлюпа. В отличие от экспедиции на «Рюрике» в новом плавании должны были принять участие и российские ученые, студенты Дерптского университета — астроном, минералог и физик (молодой Э. Ленц).
Однако вскоре задача экспедиции вновь изменилась. Российско-Американская компания отменила экспедицию своего судна, фрегат сопровождения также послан не был, и Коцебу пришлось принять на себя лишь задачу крейсерства в водах колоний Русской Америки.
Коцебу предоставлялась возможность делать исследования по пути и даже разрешалось продлить свое плавание на год. Однако в виду того, что экспедиция была снабжена продовольствием и всем необходимым лишь на три года, становилось очевидным, что продлить плавание не удастся.