Преподобный Серафим высоко чтил память матери Александры и всегда именовал ее святой. Сам он, по данному им обету, не посещал Дивеевскую обитель, но постоянно заботился о ней. Дивеевские сестры ходили к нему за благословением, за разрешением недоуменных вопросов и затруднений. Старец привлекал значительные средства благотворителей, почитавших его или получивших от него исцеление, для устройства Дивеевского монастыря. Считая нецелесообразным пребывание в одной обители вдов и девиц, преподобный разделил обитель на два отделения. Место для новой, девичьей общины он выбрал сам, примерно в ста саженях от Казанской церкви первой общины. Место это старец велел обнести канавкой (по преданию, он сам начал копать ее), а также валом; здесь была поставлена ветряная мельница, и так была основана Серафимова девичья мельничная община. Старец говорил, что место это указано ему Самой Пресвятой Богородицей, канавка же — «стопочки Божией Матери; тут ее обошла Сама Царица Небесная». «И как Антихрист придет, везде пройдет, а канавки этой не перескочит». (Уже после смерти преподобного Серафима, в 1842 году, обе общины — Мельничья и Александрова — были соединены. Новая обитель получила название Серафимо-Дивеевской.)
Дивеевская обитель была очень бедна, и преподобный старался во всем позаботиться о сестрах, снабдить их всем необходимым. Надо сказать, что в последние годы жизни великого старца братия Саровского монастыря нередко роптали на него: многим не нравилось, что в монастыре вечно толпятся паломники, жаждущие увидеть святого и поговорить с ним. Роптали также и на заботу, с которой относился преподобный к «мельничным сиротам» (так он называл дивеевских сестер). Доходило даже до того, что настоятель Саровской обители Нифонт и солдаты, квартировавшие в монастыре (они подчинялись настоятелю), отбирали у дивеевских послушниц дары, которые вручал им старец Серафим: сухари, свечи, елей, ладан, вино для службы (все это самому Серафиму приносили посетители).
Влияние преподобного на дивеевских сестер было исключительным: без благословения великого старца они не предпринимали ничего, беспрекословно исполняли все его послушания. Уже после смерти преподобного именно в Дивееве сумели сохранить подлинный дух его учения, и не случайно, что останки великого святого, в конце концов, именно здесь нашли упокоение.
25 марта 1832 года, за год и десять месяцев до смерти, преподобный Серафим сподобился еще одного (двенадцатого в его жизни) посещения Пресвятой Божьей Матери, на этот раз в присутствии свидетельницы, старицы Дивеевского монастыря Евпраксии. Сама старица Евпраксия впоследствии так рассказывала об этом. «Батюшка за два дня приказал мне прийти к этому дню. Когда я пришла, батюшка объявил: „Нам будет видение Божией Матери“, и, наклонив меня ниц, прикрыл своею мантиею и читал надо мною по книге. Потом, подняв меня, сказал: „Ну, теперь держись за меня и ничего не убойся“. В это время сделался шум, подобно шуму леса от большого ветра. Когда он утих, послышалось пение, подобное церковному. Потом дверь в келию сама собой отворилась, сделалось светло — белее дня, и благоухание наполнило». Евпраксия испугалась, но преподобный успокоил ее: «Не убойся, чадо: это не беда, а ниспосылается нам от Бога милость. Вот Преславная, Пречистая Владычица наша Пресвятая Богородица, грядет к нам!» Старица подробно описывает шествие Пресвятой в сопровождении ангелов и святых. «Я не почувствовала, как встала, — продолжает Евпраксия. — Царица Небесная изволила повторить: „Не убойся, Мы пришли посетить вас“. Отец Серафим стоял уже не на коленях, а на ногах пред Пресвятою Богородицею, и Она говорила с ним столь милостиво, как бы с родным человеком». Старица не слышала всего их разговора, слышала только, что Божия Матерь просила старца не оставлять дивеевских сестер. «Скоро, любимче мой, будешь с нами», — произнесла Пречистая на прощание.
Приблизительно за год до смерти преподобный почувствовал крайнее изнеможение сил. «Жизнь моя сокращается, духом я как бы сейчас родился, а телом по всему мертв», — говорил он. Старец прощался и с дивеевскими сестрами, прямо говоря некоторым из них, что он оставляет их на милость Божией Матери.