Также отец Иоанн основал и устроил Воронцовско-Благовещенский женский монастырь в Псковской епархии, Вауловский скит в Ярославской губернии около города Рыбинска, Пюхтицкую женскую обитель (в нынешней Эстонии). Но это лишь обители, непосредственно основанные святым. Множество церквей в России многим обязаны его щедрой благотворительности: отец Иоанн либо делал вклад на их постройку или обновление, либо дарил им церковное облачение, церковную утварь, другие необходимые для богослужения предметы. «Нет почти в России благотворительного общества или учреждения, которые не пользовались бы помощью отца Иоанна, — писал епископ Михей (Алексеев). — Десятки тысяч рублей им пожертвованы в фонд на устройство церковно-приходских школ Архангельской епархии и в фонд постройки сибирских церквей». Отец Иоанн никогда не забывал о своей малой родине — Суре. Он ежегодно ездил летом к своим родным и много сделал для обустройства родного села. Его усилиями здесь была построена новая церковь, начали работать потребительская лавка, механический завод, а в 1899 году он основал в Суре женскую общину, которая на следующий год, по указу Синода, была превращена в монастырь. При монастыре стала работать школа. Отец Иоанн раздавал и значительные денежные пособия крестьянам Сурской волости на посевы, при выдаче дочерей замуж, на постройку домов после пожаров и другие нужды.
Благотворительность — лишь одна, и, может быть, даже не главная сторона деятельности Иоанна Кронштадтского. Еще при жизни он был наделен даром чудотворения и врачевания от самых различных недугов.
В беседе со священниками города Сарапул (в Удмуртии) отец Иоанн так рассказывал об этом: «В Кронштадте жила благочестивая, прекрасной души, женщина, по имени Параскева Ивановна Ковригина (родом костромичка), отдавшая себя на служение ближним. Она стала убедительно просить меня помолиться за того или иного страждущего, уверяя меня, что молитва моя за них будет действенна и для них полезна. Я же все время отказывался, совершенно не считая себя достойным быть особенным посредником между людьми, нуждающимися в помощи Божией, и Богом. Но неотступные просьбы и уверения Параскевы Ивановны в помощи Божией, наконец, победили меня, и я с твердым упованием и надеждой стал обращаться с мольбой к Богу об исцелении болящих и расслабленных душой и телом. Господь слышал мои, хотя и недостойные, молитвы и исполнял их: больные и расслабленные исцелялись. Это меня ободрило и укрепило. Я все чаще и чаще стал обращаться к Богу по просьбе тех или других лиц, и Господь за молитвы наши общие творил и творит доселе многие дивные дела. Много чудес очевидных совершилось и ныне совершается. В этом я вижу указание Божие мне, особое послушание от Бога — молиться за всех, просящих себе от Бога милости».
Этот дивный дар еще больше прославил святого и сделал его имя известным буквально по всей России и далеко за ее пределами. Множество людей избавлялись от своих болезней молитвой святого или возложением его рук, причем даже в тех случаях, когда медицина оказывалась бессильной. Свидетелями этих исцелений стали многие люди, в том числе и представители просвещенного общества, интеллигенции. Так, например, знаменитый художник Н. К. Рерих всю жизнь добрым словом вспоминал кронштадтского чудотворца, излечившего его в детстве. Другой знаменитый современник, юрист А. Ф. Кони, вспоминал, как отец Иоанн излечил от сильного заикания 17-летнюю девушку, которой не могли помочь европейские светила, в том числе один из основателей невропатологии Ж. Шарко. Замечательный случай произошел в 1901 году в селе Кончанском (Суворовском). Он был описан находившейся там комиссией профессоров военной академии. Женщина, много лет страдавшая беснованием, была приведена к отцу Иоанну в бесчувственном состоянии и через несколько мгновений получила совершенное исцеление. Почитателем чудесного дара кронштадтского чудотворца был сам С. П. Боткин — крупнейший клиницист и диагност своего времени. 20 декабря в газете «Новое время» появилось «Благодарственное заявление», подписанное десятками исцеленных отцом Иоанном Ильичем Сергиевым людей. Исцеление молитвами отца Иоанна получали не только православные, но и мусульмане, иудеи, а также обращавшиеся к нему из-за границы иностранцы. Сам отец Иоанн никогда не добивался какой-либо славы, не искал известности. (Так, например, та же Параскева Ивановна Ковригина, рассказывавшая повсюду о чудесах и исцелениях, совершенных им, получала от отца Иоанна строгие выговоры за огласку, а в течение некоторого времени он даже вовсе не хотел иметь с нею общения.) Но, разумеется, кронштадтский чудотворец ничего не мог поделать с растущей всенародной славой и всеобщим поклонением.