Святитель понимал всю сложность развития православия в США и Канаде и предлагал меры, способные консолидировать православное население в Новом Свете. «Северо-Американскую епархию, — писал он в Святейший Синод, — следует преобразовать в экзархат Российской Церкви в Северной Америке. Дело в том, что в состав ее входят не только разные народности, но и разные Православные Церкви, которые, при единстве веры, имеют каждая свои особенности в каноническом строе, в богослужебном чине, в приходской жизни; особенности эти дороги для них и вполне терпимы с общей православной точки зрения. Посему мы не считаем себя вправе посягать на национальный характер здешних Церквей, напротив, стараемся сохранить таковой за ними, предоставляя им возможность быть непосредственно подчиненными начальникам их же национальности. Словом, в Северной Америке может образоваться целый экзархат православных национальных Церквей со своими епископами, возглавляемыми экзархом — русским архиепископом. Через него сохраняется связь Американской Церкви с Всероссийской Церковью и известная зависимость от нее; причем не следует упускать из виду того обстоятельства, что жизнь в Новом Свете по сравнению со Старым имеет свои особенности, с которыми приходится считаться и здешней Церкви, а посему этой последней должна быть предоставлена большая автономия (автокефальность?), чем другим русским митрополиям».
С 1905 года святитель начал готовить Собор с участием епископов, священников, а также делегатов от всех православных приходов. Этот собор открылся в феврале (по новому стилю в марте) 1907 года в храме Иоанна Крестителя в городе Майфилде. Один из вопросов, поднятых на Соборе, был вопрос о юридическом статусе Православной Церкви в Америке. Тогда этот вопрос был не понят Святейшим Синодом, и лишь шестьдесят лет спустя Американская Православная Церковь получила самостоятельность.
Впрочем, еще накануне открытия Собора архиепископ Тихон получил уведомление Святейшего Синода о своем переводе в Россию: 25 января (7 февраля) 1907 года он был назначен архиепископом Ярославским и Ростовским.
За годы, проведенные святителем на Американском континенте, в России многое изменилось. Страна пережила неудачную войну с Японией 1904–1905 годов и революцию 1905–1907 годов. «Больно читать, что творится в бедной России, — писал святитель еще в ноябре 1905 года из Нью-Йорка настоятелю Великолукского Троице-Сергиева монастыря архимандриту Аркадию. — Кажется, все правящие потеряли голову. Бог знает, к чему это все приведет. Ужели Господь до конца прогневался на нас? И скоро ли мы образумимся?..»
11 апреля 1907 года владыка Тихон прибыл в Ярославль. Прямо с вокзала святитель направился в кафедральный собор города, где обратился к пастве с такой речью: «Мой приезд совпал со днями, когда Церковь готовится к торжественному входу Иисуса Христа в Иерусалим, где множество народа встретило Его. Среди них были и враги, и друзья Христа, были исцеленные Им и любопытные, желавшие взглянуть на Галилейского Пророка. Множество народа встретило и меня. Не думаю, чтобы здесь были враги у незнакомого для всех собравшихся человека. Сюда стеклись посмотреть на нового владыку, прибывшего из далекой Америки. Но не любопытство одно привело сюда вас, а любовь к Церкви, к ее служителям. Еще до приезда я слышал много отрадного о вас, о любви ярославцев к благолепию храмов, о внимании к пастырям, и нынешнее стечение народа отрадно для меня. Храните эту любовь к вере и Церкви Православной, к посещению храмов!»
В течение семи лет владыка Тихон возглавлял ярославскую кафедру и за эти годы успел заслужить искреннюю любовь народа. Как и прежде, он много разъезжает по епархии, посещая даже самые отдаленные уголки, совершает божественную литургию во всех посещенных им храмах, заботится о священнослужителях. В 1908 году святитель Тихон вновь побывал в Петербурге, где посетил отца Иоанна Кронштадтского. Это было незадолго до смерти великого праведника и чудотворца. Рассказывали, что после продолжительной беседы кронштадтский батюшка поднялся со своего места и предложил святителю: «Теперь, владыка, садитесь вы на мое место, а я пойду отдохну», и вышел. Архиепископ Тихон не посмел сесть на место отца Иоанна. И лишь спустя многие годы открылся сокровенный смысл слов великого старца: патриарх Тихон занял место того, кому поклонялась вся Россия.