«Патриаршество восстанавливается на Руси в грозные дни, среди огня и орудийной смертоносной пальбы, — сказал святитель в своем обращении к народу в день интронизации. — Вероятно, и само оно принуждено будет не раз прибегать к мерам запрещения для вразумления непокорных и для восстановления порядка церковного. Но как в древности пророку Илии явился Господь не в буре, не в трусе, не в огне, а в прохладе, в веянии тихого ветерка, так и ныне на наши малодушные укоры: Господи, сыны Российские оставили завет Твой, разрушили Твои жертвенники, стреляли по храмовым и кремлевским святыням, избивали священников Твоих — слышится тихое веяние словес Твоих. Еще семь тысяч мужей не преклонили колена пред современным Ваалом и не изменили Богу истинному. И Господь как бы говорит мне так: „Иди и разыщи тех, ради коих пока еще стоит и держится Русская земля. Но не оставляй и заблудших овец, обреченных на погибель, на заклание, овец, поистине жалких. Паси их, и для сего возьми жезл сей благоволения. С ним потерявшуюся — отыщи, угнанную — возврати, пораженную — перевяжи, больную — укрепи, разжиревшую и буйную — истреби. Паси их по правде“. В сем да поможет мне Сам Пастыреначальник, молитвами и предстательством Пресвятыя Богородицы и святителей Московских». Эти слова стали настоящей программой действий патриарха Тихона на посту первосвятителя Русской Церкви.
Тем временем революция в России набирала силу. Началась гражданская война. Одной из главных жертв захлестнувшей страну волны террора становилась Церковь.
В начале февраля 1918 года, среди прочих, был подписан декрет об отделении Церкви от государства и школы от Церкви. На местах он был воспринят как сигнал не просто к наступлению на Церковь, но по существу к уничтожению Церкви. Повсеместно закрываются домашние церкви (первый шаг к последующему закрытию всех церквей), закрываются все духовные учебные заведения, прекращается преподавание Закона Божия в школах. Имущество Церкви объявляется государственным, и это касается храмов, монастырей, церковного имущества, утвари и т. п. Церкви оскверняются, чтимые народом обители (как, например, Александро-Невская лавра в Петрограде или Почаевская лавра на Украине) захватываются безбожниками; монастыри объявляются неким абстрактным «народным достоянием», а на деле превращаются в застенки или постоялые дворы. Сама православная вера открыто провозглашается предрассудком, суеверием; повсюду выламывают и выбрасывают кресты — символ христианства, глумятся над чудотворными иконами, святыми мощами. В кровавом месиве гражданской войны гибнут сначала десятки и сотни, а затем тысячи священнослужителей. В ответ на это в Москве и других городах организуются многотысячные крестные ходы с хоругвями и чудотворными иконами. В Туле и Шацке крестные ходы расстреляны из пулеметов.
25 января (7 февраля) 1918 года в Киеве был зверски убит митрополит Киевский и Галицкий Владимир — тот самый, который вручил святителю Тихону символ патриаршей власти, посох святого митрополита Петра. (В 1992 году святитель Владимир Киевский причтен Церковью к лику святых.) И эта жертва, к несчастью, оказалась далеко не единственной. Казалось, возвращаются страшные времена гонений на первых христиан. Множится сонм новомучеников и исповедников Русской Церкви. В том же 1918 году и позднее принимают мученическую смерть архиепископ Пермский и Кунгурский Андроник, его викарий епископ Соликамский Феофан, архиепископ Черниговский Василий, епископы Ермоген Тобольский и Сибирский, Амвросий Сарапульский, Мефодий Петропавловский, Никодим Белгородский, Иоаким Нижегородский и другие, бесчисленное множество настоятелей храмов, священников, иноков и инокинь. Многие принимают мучительную, жуткую смерть, многих убивают с глумлением, с издевкой, надругаясь над их религиозными чувствами.
Патриарх не остается в стороне, но возвышает свой голос в защиту Православия. Еще в январе 1918 года по всей России расходится его послание с анафематствованием гонителей Церкви и сеятелей братоубийственной брани.
«Тяжкое время переживает ныне Святая Православная Церковь Христова в Русской земле: гонения воздвигли на истину Христову явные и тайные враги сей истины и стремятся к тому, чтобы погубить дело Христово и вместо любви христианской всюду сеять семена злобы, ненависти и братоубийственной брани.
Забыты и попраны заповеди Христовы о любви к ближним, ежедневно доходят до нас известия об ужасных и зверских избиениях ни в чем не повинных и даже на одре болезни лежащих людей, виновных только разве в том, что честно исполняли свой долг перед Родиной, что все силы свои полагали на служение благу народному. И все это совершается не только под покровом ночной темноты, но и въявь, при дневном свете, с неслыханною доселе дерзостию и беспощадной жестокостью, без всякого суда и с попранием всякого права и законности — совершается в наши дни во всех почти городах и весях нашей Отчизны: и в столицах, и на отдаленных окраинах (в Петрограде, Москве, Иркутске, Севастополе и др.).