Даже страшное нашествие татар не остановило усобицы и раздоры южнорусских князей. В конце 1239 года татарские отряды впервые появились у стен Киева. Татары вступили в переговоры с князем Михаилом, но тот не только отказался от всяких переговоров, но и бежал из Киева в Венгрию, где уже находился его сын Ростислав. (Поздние летописи рассказывают, что по приказу Михаила были убиты татарские послы — и это кажется вполне правдоподобным.) Киев перешел сначала к смоленскому князю Ростиславу, а затем к Даниилу Галицкому, который посадил в городе своего воеводу Дмитра (будущего героя трагической киевской обороны). Бегством Михаила воспользовался и его старый недруг Ярослав Всеволодович. Он захватил в городе Каменце жену и бояр князя. Впрочем, жену Михаила Ярослав вскоре отпустил к ее брату, князю Даниилу Галицкому.
Не найдя приюта в Венгрии, Михаил и Ростислав вскоре уехали в Польшу, но не задержались и там. Михаил направляет послов к своему шурину и недавнему врагу Даниилу в Галич с просьбой предоставить убежище. Даниил принял изгнанников. Однако зимой 1240 года началось вторжение в южную Русь полчищ Батыя. В декабре пал Киев, и татары устремились в Галицкую землю. Михаил вновь бежал в Польшу, оттуда — в Силезию, где был ограблен немцами. В 1241 году Михаил с сыном возвратился в Киев, на пепелище. Он не захотел останавливаться в разрушенном городе и устроился недалеко от Киева, на острове. Ростислав же уехал княжить в разоренный Чернигов и в том же году напал на владения Даниила Галицкого, ответив черной неблагодарностью на недавнее гостеприимство. В 1245 году Ростислав женился на дочери венгерского короля Белы IV. Узнав об исполнении своей давней мечты, Михаил поспешил в Венгрию. Однако ни сват, ни сын не оказали ему достойного приема. Обиженный Михаил вернулся на Русь, в родной Чернигов.
Таковы обстоятельства, предшествовавшие поездке Михаила в Орду. О том, что произошло дальше, рассказывает «Сказание об убиении в Орде князя Михаила и боярина его Федора» — Житие святых мучеников за веру, первые редакции которого появились уже в первые десятилетия после смерти святых. Сохранился также рассказ францисканского монаха итальянца Плано Карпини, побывавшего в ставке Батыя вскоре после гибели русского князя и сообщившего некоторые подробности о случившейся трагедии.
Хан Батый требовал от русских князей являться к нему с поклоном и получать из его рук особую грамоту (ярлык) на владение тем или иным городом. «Не подобает вам жить на земле Батыевой, не поклонившись ему» — передают летописи слова татар, обращенные, в частности, к князю Михаилу. По обычаю, принятому у татар, когда русские князья являлись к Батыю, их сначала проводили между огнями, для очищения, и требовали, чтобы пришедшие поклонились «кусту, и огню, и идолам». Также и часть даров, которые князья приносили с собой, сначала бросали в огонь. Только после этого князей вели к хану. Многие князья с боярами проходили сквозь огонь, надеясь получить из рук Батыя города, в которых они княжили. И хан давал им тот город, о котором они просили.
И вот пришло время и князю Михаилу отправиться в Орду. Перед поездкой он пришел к своему духовнику. И так сказал князю его духовный отец: «Если хочешь ехать, княже, не уподобляйся другим князьям: не проходи сквозь огни, не поклоняйся ни кусту, ни идолам их, ни пищи от них не принимай, ни питья их в уста не бери, но исповедуй веру христианскую, ибо не подобает христианам поклоняться твари, но только единому Господу нашему Иисусу Христу». Князь Михаил обещал ему исполнить все это, ибо, сказал, «я и сам хочу пролить кровь свою за Христа и за веру христианскую». И боярин его Федор, который всегда был при князе в советниках, также пообещал исполнить повеление духовного отца. На том духовный отец благословил их.