В 70-е годы XV века игумену Зосиме пришлось еще раз отправиться в Новгород. Монастырь вел большое хозяйство, занимаясь рыбным и соляным промыслами и торговлей, и это приводило к столкновению его интересов с интересами крупных новгородских бояр. «По наущению от диавола, — читаем в Житии святых, — на Соловецкий остров начали приходить многие из боярских слуг вельможеских и насельников земли Корельской, которые ловили рыбу на озерах, запрещая в то же время инокам ловить рыбу на потребу монастырскую. Эти люди называли себя господами острова того, преподобного же Зосиму и прочих иноков поносили укорительными словами и доставляли им много неприятностей, обещая разорить монастырь». Игумен обратился за помощью к архиепископу Феофилу, преемнику святителя Ионы (он занимал новгородскую кафедру в 1470–1480 годах). Житие рассказывает, что во время этого своего пребывания в Новгороде преподобный предсказал разорение города, опустошение дома знаменитой Марфы Борецкой и казни шестерых наиболее видных новгородских бояр, что и исполнилось после завоевания Новгорода великим князем Иваном III. Что же касается основной цели его визита, то соловецкий игумен добился полного успеха: и архиепископ, и бояре обещали ему защиту от насилий со стороны боярских слуг. Более того, по свидетельству Жития, преподобный Зосима получил особую грамоту «на владение островом Соловецким, и островом Анзером, лежащим в десяти верстах от Соловков, и островом Муксомой, лежащим в трех верстах. И приложили к грамоте восемь оловянных печатей: первую — владыки, вторую — посадника, третью — тысяцкого и пять печатей — от пяти концов (районов. —
Неудивительно, что уже в XVI веке Соловецкий монастырь становится одной из богатейших обителей русского Севера. Он прославился и как военный страж северных рубежей России, не раз принимавший на себя удары врагов и в XVII, и в XVIII, и даже в XIX веке.
Последние годы своей жизни преподобный Зосима по-прежнему проводил в постоянных трудах и молитвах, ни на минуту не забывая о смерти и неотвратимости Божьего суда. Своими руками он соорудил себе гроб и держал его в сенях кельи, сам выкопал могилу. Предчувствуя приближение смерти, преподобный вверил монастырь своему преемнику — Арсению, затем собрал братию и преподал ей наставление.
Скончался преподобный игумен Зосима 17 апреля 1479 года. Братия с честью похоронили его в могиле, которую он выкопал своими руками, за алтарем церкви Святого Преображения Господня; позднее над могилой сооружена была часовня. В 1566 году, 8 августа, святые мощи преподобных Зосимы и Савватия торжественно перенесли в придел соборного храма во имя преподобных, где они покоятся и доныне.
Как и святой Савватий, святой Зосима прославился как великий чудотворец. Известны его многочисленные чудеса, которые стали совершаться уже вскоре после его кончины. Много раз преподобный являлся плавающим по морю, когда они находились в опасности, останавливал бурю и спасал корабли от потопления; иногда его видели в храме среди молящихся иноков; больные получали исцеление у гробниц Зосимы и Савватия молитвами преподобных.