Новые каменные стены с башнями были возведены, отступя от прежних. Между стеной и дворами было оставлено 109 саженей, а церкви и дома, стоявшие на этом пространстве, снесены. Петр Фрязин в 1485 году выстроил Свибловскую башню на Москве-реке и под ней вывел тайник. Затем, в течение семи лет, он выстроил башни, или стрельницы, у Фроловских, Никольских, Боровицких и Константино-Еленских ворот и стену от Свибловской стрельницы до Боровицких ворот и далее до Неглинной. Другой зодчий – иностранец Марк Руффо построил стрельницу Беклемишевскую. Все эти стрельницы были соединены толстой, вышиной в некоторых местах до трех саженей стеной.
Страшный пожар в 1493 году внутри Кремля сделал в нем и страшные опустошения. Сгорели новый великокняжеский дворец, оконченный года за два перед тем, старый дворец. Митрополичий двор, обрушилась церковь Иоанна Предтечи у Боровицких ворот, под которой хранилась казна великой княгини Софьи, и много других зданий. Уцелели только соборы да Грановитая палата, выстроенная Марком Руффо и Петром Фрязиным, получившая свое название от граненых камней наружной стены. Великий князь вместе со своим сыном лично помогал разметывать строения для прекращения пожара. При этом погибло более 200 человек, а также множество лошадей и других животных. Летописцы говорят, что, как Москва стала, такого пожара еще не было. Сам великий князь принужден был переехать временно за Яузу и поселился на «крестьянских дворах» у церкви Св. Николая, что именовалась Подкопай. Через шесть лет великий князь поручил архитектору Алевизу построить каменный дворец на старом своем дворе у Благовещения. Алевиз употребил девять лет на построение дворца, но выстроил его основательно, сделал под ним подвалы и ледники и провел каменную стену от великокняжеского двора до Боровицкой стрельницы. Во время постройки дворца великий князь помещался в деревянных хоромах в своем Кремлевском дворе, а иногда на Воронцовом поле. Он не дожил до окончания строительства дворца. Надо заметить, что построение церквей и палат хотя и было поручаемо иностранным художникам, но живопись, особенно церковная, оставалась в руках русских художников.
Преемник Ивана III Васильевича Василий Иванович был первым вполне самостоятельным государем московским. В самом начале своего княжения он достроил в Кремле каменный дворец, начатый отцом его, и перешел в него жить 7 мая 1508 года. Он великолепно отделал дворец и, кроме того, выстроил в Кремле на прежних местах некоторые новые каменные церкви. Ров, идущий вокруг Кремля, великий князь велел мастеру Алевизу обложить камнем и кирпичом и выкопать при впадении Неглинной в Москву-реку за Боровицкими воротами пруд, названный Лебединым. На этом пруде была поставлена каменная мельница, и вода из него проводилась во рвы.