В период существования Ивановского монастыря как приходской церкви в разное время были делаемы поправки, а иногда и капитальные перестройки. Так, в 1816 году храм Казанской Божьей Матери, находившийся в колокольне, был упразднен, а вместо него был устроен новый придел во имя Казанской же Божьей Матери.
В 1861 году на капитал, завещанный подполковницей Елизаветой Алексеевной Макаровой-Зубачевой, все древние здания Ивановского монастыря были разобраны и начата постройка новых по плану архитектора Быковского. Постройка продолжалась довольно медленно. Наконец, для окончания постройки учреждена была особая комиссия под председательством архимандрита Николо-Угрешского монастыря отца Пимена. Работа пошла весьма быстро, так что 25 июля 1878 года на главном храме заблистал Святой Крест, умножив собой число крестов в нашей златоглавой Москве-матушке. Вскоре монастырь был освящен и открыт.
В обширных зданиях возобновленного монастыря устроено училище для сирот женского пола и больница не только для сестер Ивановского монастыря, но и для сестер других монастырей. В последнюю войну с Турцией в стенах Ивановского монастыря был открыт временный городской госпиталь для больных и раненых воинов.
Но возвратимся опять к прежнему монастырю, каким он существовал до 1812 года.
Обеспечиваемый добровольными подаяниями и вкладами царскими и Других знатных особ, Ивановский монастырь имел в то же время за собой 813 душ крестьян. С закрытием монастыря крестьяне отошли от него. О содержании монашествующих нет точных сведений. Но монашествующие трудились и положили около монастыря начало ярмарки в день памяти Иоанна Предтечи 29 августа. В этот день монахини и белицы выносили за ворота свои рукоделия: нитки, пряденую шерсть, кружева, чулки и проч. Все это они распродавали на ярмарке, которая впоследствии расширилась и существовала довольно долго.
Из погребенных в монастыре прежде всех обращает на себя внимание схимонахиня Марфа, известная своей благочестивой жизнью, скрытой под видом юродства. Прах ее покоится под церковью, у западного столпа, где и обложена по приказанию митрополита Филарета ее гробница. Схимонахиня Марфа известна как узорешительница. На могилу ее приходили служить панихиды беременные женщины и получали помощь. Ни о ее происхождении, ни о ее образе жизни ничего неизвестно. На верхней плите ее могилы вычеканена следующая надпись: «7146 (1638) г. марта в 1-й день на память святые преподобномученицы Евдокии преставися раба Божия девица Дарья, во инокинях схимница Марфа юродивая».
Надгробные камни, вставленные в стене прежнего храма, указывали здесь на могилы князей Засекиных, Волынских, Ознобишиных, Хомутовых, Ордын-Нащокиных, Резановых, Елизаровых, Окуньковых, Оболенских и Лихаревых. Здесь же погребена и царевна Прасковья, супруга царевича Ивана, сына Ивана Грозного.
В Ивановском монастыре нашли было себе могилы два начальника раскола — Иван Тимофеевич Суслов и преемник его Прокопий Данилович Лункин. Их похоронили рядом. На могиле Лункина соорудили каменный памятник и на гробнице написали похвалу святости погребенного. Оба они были основателями в Ивановском монастыре секты хлыстов. Когда благодаря поискам знаменитого сыщика Ваньки Каина была открыта хлыстовщина, трупы обоих лжеучителей в 1739 году были выкопаны из земли палачами, вывезены в поле и сожжены там. Проживавшая в Ивановском монастыре хлыстовская пророчица Настасья была казнена в Петербурге.
Ивановский монастырь имел в свое время и административное назначение. В безмолвных стенах его были заключаемы опальные. Сюда присылались женщины из Сыскного приказа и из Тайной розыскных дел канцелярии под видом сумасшедших или же секретные; здесь были и раскольницы, и замешанные в политических и уголовных делах. Они содержались под строгим надзором в особых кельях, подвалах и застенках, что давало этой обители вид таинственный и мрачный.
В Ивановском монастыре в заключении скончалась в 1620 году вторая супруга царевича Ивана Ивановича Прасковья Михайловна из рода Соловых. Сюда же в 1786 году была прислана по секретному повелению императрицы Екатерины II неизвестная женщина знатного происхождения, которая в монашестве наречена была Досифеей и пробыла в монастыре в безмолвии и в подвигах благочестия 25 лет. Погребена же Досифея в Новоспасском монастыре, в усыпальнице Романовых. Полагают, что Досифея была не кто иная, как княжна Тараканова.
В заключение скажем, что одновременно с Досифеей в Ивановском монастыре под крепким караулом содержалась в течение тридцати лет Дарья Николаевна Салтыкова, известная в народе под именем Салтычихи и людоедки. Вначале Салтычиха заключена была в склепе, под соборной церковью, а потом в застенке, пристроенном к горней стене храма. Она умерла 68 лет и погребена в Донском монастыре, где погребались ее родственники.
Упраздненные монастыри
Моисеевский
, женский. Находился у Охотного ряда. Стал известен с XVI века. При нем устроена была богадельня. Уничтожен в 1789 году.