В монастыре 5 церквей: собор Преображения Господня, собор Покрова Богородицы, Знамения Богородицы, Николая Чудотворца и Преподобного Сергия Радонежского. Собор Преображения Господня — пятиглавый, величественный храм византийско-русского зодчества. Первоначально он построен при Иване III в 1491 году и освящен 18 сентября 1497 года; потом, за теснотой и ветхостью, церковь разобрана, и на том же месте сооружена в 1645 году новая иждивением царя Михаила Федоровича и матери его Марфы Ивановны; что же касается внутреннего украшения, образов и утвари, то все это пожаловано царем Алексеем Михайловичем. При нем же собор, освященный 19 сентября 1647 года тогдашним архимандритом монастыря Никоном. Через 40 лет после того собор снова украшен стенной росписью и освящен 5 августа 1689 года при царях Петре и Иване. На стенах собора изображены все русские государи от св. Ольги до Алексея Михайловича, все цари израильские и греческие мудрецы (подобно тому, как в Благовещенском соборе). В 1837 году живопись эта была возобновлена. Здесь в серебряном ковчеге хранится часть Ризы Господней и много частиц мощей разных угодников. Церковь Покрова Богородицы — теплая, с трапезной, построена по повелению царя Алексея Михайловича в 1673 году и освящена в 1675 году. В новейшее время церковь эта великолепно отделана и вновь освящена в 1822 году. Здесь три придела: Св. Дмитрия Ростовского, устроенный в 1757 году, Великомученицы Варвары — в 1758 году и Саввы Освященного, сооруженный в 1843 году. Церковь Знамения Богородицы перестроена вновь в 1793 году архитектором Назаровым и освящена в 1795 году. Она — двухъярусная, престол ее помещен на хорах, а внизу усыпальница, или склеп, для фамилии Шереметевых. Здесь, в особой палатке под алтарем, находятся могилы четырех братьев патриарха Филарета, бояр Романовых: Василия, Александра, Михаила и Ивана Никитичей, несчастных жертв политики Годунова, тела которых возвращены в Москву самозванцем. Церковь Николая Чудотворца с больничными кельями построена в 1652 году князем Яковом Черкасским. С тех пор эта церковь была возобновляема трижды: в 1734, 1813, причем главный престол переименован в честь Саввы Освященного, а Николаевский оставлен придельным, и в 1849 годах. При последнем возобновлении сооружен еще придел Нерукотворного Спаса, освященный 6 октября 1840 года. Местный образ Спаса принадлежал прежде императрице Елизавете Петровне и от нее дан в благословение графине Гендриковой, которая отказала его сюда. Церковь Преподобного Сергия Радонежского находится в среднем ярусе колокольни; она устроена на частные средства в 1787 году и вновь отделана и украшена в 1822 году.
Ризница монастыря наполнена сокровищами, между которыми хранятся три напрестольных креста, украшенные драгоценными каменьями и жемчугом: один золотой с мощами разных святых — дар царя Федора Алексеевича, другой — тоже золотой, в котором находится капля крови Спасителя, и третий — резной из пальмы, весьма искусной греческой работы. Шесть напрестольных, весьма богатых Евангелий, митры, облачения, плащаницы, одна из них — дар царя Михаила Федоровича.
В Преображенском соборе обращает на себя внимание путевая икона Марфы Ивановны, именуемая «Умиление», которая, по мнению знатоков, принадлежит к произведениям Андрея Рублева.
Под этим собором погребены мать царя Михаила Федоровича инокиня Марфа, царевна Ирина Михайловна, княгиня Татьяна Федоровна Катырева, родная сестра царя Михаила, и четыре его брата, умершие в младенчестве; затем — боярин Роман Юрьевич Захарьин, отец царицы Анастасии, Никита Романович Юрьев-Захарьин, отец патриарха Филарета, и др. Под Знаменской церковью погребены многие знаменитые особы. Между архимандритами Новоспасского монастыря замечательны Иов, бывший потом первым патриархом, патриархи Никон и Питирим и митрополит московский Филарет (Дроздов).
Покровский
, мужской. Монастырь построен в 1655 году по указу царя Алексея Михайловича на комнатную царскую сумму. Место, на котором построена обитель (близ нынешней Покровской заставы), занято было прежде общим кладбищем для бедных, странников и умерших насильственной смертью. Здесь был и Убогий дом, почему и монастырь назывался сперва Убожедомским. В конце XVIII столетия обитель возобновлена на частные средства и потом приведена в еще более благолепный вид в 1830 году архимандритом Ионой.В монастыре три церкви: Воскресения Христова, Покрова Пресвятой Богородицы и Ионы, митрополита московского. Собор Воскресения Христова построен вместо прежнего в 1792 году. В нем приделы — Всех Святых и Тихвинской Богородицы. Церковь Покрова Богородицы — теплая, двухэтажная, с двумя приделами: Апостолов Петра и Павла и Николая Чудотворца. Внизу церковь во имя св. митрополита Ионы с двумя приделами: Св. Иллариона Великого и Преподобного Нила. Оба эти храма построены на месте обветшавшей церкви в 1806 году. Первый освящен в 1814 году, второй — в 1825 году. Приделы устроены в 1843 году.