Когда в 1383 году Тохтамыш разорял Москву, то он велел выжечь все церкви; но Богоявленский монастырь, как гласит та же домовая книга 1600 года, «божественною невидимою силою сохранен». Вероятно, монастырь не особенно пострадал и в дальнейшие пожары и разорения, ибо, по словам летописи монастырской, «многими леты во многих запалениях огненных огнь (к монастырю) не прикоснуся и не вреди». В 1467 году по челобитью игумена Антония великим князем Иваном III Васильевичем велено отпускать монастырю «по вся годы с дворца годовой корм, чтобы старцы молили Бога за государево здравие и поминали всех государевых родителей»[154]
. Затем монастырю пожалованы были грамоты от великих князей и царей, преимущественно от Ивана Грозного и Бориса Годунова, на недвижимые имения с угодьями и крестьянами, которых числилось за монастырем 1080 душ. С 1719 года от его императорского величества давалось этой обители на просвиры 29 копеек.В 1468 году сильный пожар и внезапное разрушение Успенского собора так опечалили святителя Филиппа, что его поразил паралич. Больного отвезли в Богоявленский монастырь, где он вскоре и скончался[155]
.Сильно пострадал Богоявленский монастырь и в ужасающий пожар 1547 года.
В 1569 году обители суждено было видеть поругание своего архипастыря Филиппа. За правду, высказанную им Грозному, он был лишен архипастырского сана. В Успенском соборе опричники сорвали с митрополита священное облачение и, одев его в ветхую иноческую ризу, выгнали вон метлами из святилища и повезли на дровнях с ругательством в Богоявленский монастырь. Народ провожал святителя с плачем.
В нашествие Девлет-Гирея 1571 года, когда от Китай-города осталось одно пожарище, пострадал и сам монастырь, окруженный деревянными строениями.
В царствование любителя просвещения Федора Алексеевича к обители благочестия присоединен был приют наук, предшествовавший основанию Славяно-греко-латинской академии. Патриарх Иоаким в 1680 году перевел сюда из типографских казенных палат школу. Ею руководили два брата, ученые греки Иоанникий и Софроний Лихуды, а учились в школе 40 боярских детей, которым преподаваемы были свободные науки на греческом и латинском языках. Потом, когда Лихуды были по политическим делам сосланы в Ипатьевский монастырь, школа эта переведена в Заиконоспасскую обитель.
В известный опустошительный Троицкий пожар в 1737 году в Богоявленском монастыре сгорели глава на колокольне, кровля на кельях и Конюшенный двор. В пожары 1812 года Богоявленская обитель, осыпанная горящими головнями и градом искр, осталась невредимой. От разграбления, пожара и осквернения охранял ее один из пребывавших в ней французских маршалов. Настоятель монастыря архимандрит Ираклий с драгоценностями ризницы находился тогда в Вологде. По возвращении в сгоревшую столицу викарий московской митрополии Августин нашел в этом монастыре себе пристанище.
Своим восстановлением и украшением монастырь более всего обязан последнему московскому патриарху Адриану, бывшему прежде митрополитом казанским. При нем сооружены великолепный собор и придельная церковь Казанской Божьей Матери, напоминавшей ему явление этой чудотворной иконы в Казани.
Богоявленский монастырь, по образу некоторых древних обителей в России, состоит из двух отделений, имеющих особое назначение: в южном — соборная церковь, окруженная настоятельскими и братскими кельями, в северном — прежде помещались монастырские служки и школы, а потом помещения стали отдаваться внаем. С севера в то и другое отделение ведут ворота. В древности, однако, тут ворот не было. Вход в монастырь был со стороны торговых рядов. А на месте нынешних ворот, ведущих на Никольскую улицу, находился двор князей Буйносовых-Ростовских. Впоследствии этот двор перешел во владение боярыни Ксении Репниной, которая и пожертвовала его в 1672 году монастырю. С получением этого двора монастырь нашел возможным открыть выход на Никольскую улицу, построил существующие ворота с церковью над ними во имя Рождества Иоанна Предтечи, а потом и вторые ворота с колокольней над ними и размещенной в ней церковью во имя благоверных князей Бориса и Глеба.
Церковь над воротами во имя Рождества Иоанна Предтечи освещается тремя окнами на север и тремя на юг. В ней старинный алтарный иконостас и древний образ Св. Троицы греческого письма. От прежнего иконостаса хранятся здесь старинные иконы тоже греческого письма.
Церковь под колокольней во имя св. мучеников Бориса и Глеба была сооружена в 1739 году, но впоследствии, в 1830 году, возобновлена на частные средства и переименована в честь Спаса Нерукотворного, с тем чтобы в летнее время совершаемы были в ней ранние заупокойные обедни. В эту церковь из настоятельских келий ведет крытая галерея. Каменная колокольня имеет высоту 20 саженей, и в ней девять колоколов, из которых четыре отлиты в XVII столетии.