Он командовал не только непосредственно подчиненными ему по должности войсками (в данном случае — походной армией Фракии), но и другими магистрами, комитами, дуксами (в данном случае — дуксами провинций Малая Скифия и Мезия Вторая) и трибунами вместе с их войсками, подчинявшимися в обычное время непосредственно императору. Его власть часто распространялась и на гражданское управление в отведенной ему зоне. Такие права главнокомандующего оформлялись особой грамотой императора, в которой указывалось, что такой-то военный магистр получает власть, равную власти императора, на период военных действий в таком-то регионе. Формально стратиг-автократор становился почти соправителем императора на данный период, т. н. соучастником власти императора (греч. koinōnos tēs basileias, лат. consors imperii). Иногда соучастником власти императора и, соответственно, автократором в каком-то определенном регионе становился не военный магистр, а гражданский префект претория, которому и подчинялись, таким образом, все расположенные там военные силы. Введение такого командования, будь то стратиг-автократор или префект-автократор, позволяло централизовать командование войсками на определенном театре военных действий, что улучшало управление войсками. И при этом не требовалось личного присутствия императора, занятого другими делами. На востоке Балкан, во Фракии, Скифии и Мезии, ситуация после мятежей Виталиана была неспокойной и требовала централизации командования. Именно поэтому магистру Фракии и были предоставлены особые полномочия: магистр Фракии получил полномочия стратига-автократора; это означало, что ему были подчинены все военные силы, расквартированные в диоцезе Фракия (и комитат и лимитаны). На эту должность Юстин назначил одного из своих племянников — Германа. Такая концентрация власти и сам выбор императора вскоре полностью оправдали себя: Герман наголову разбил вторгшихся из-за Дуная антов. Поражение варваров было столь сильным, что после этого во время правления Юстина граница тут оставалась спокойной, а самого Германа северные варвары панически боялись вплоть до его смерти. Известно, что спустя три десятилетия одно имя Германа распугало вторгшихся из-за Дуная варваров и спасло Балканы от очередного вражеского нашествия.
При Юстине империя вела только локальные военные действия в Армении и Колхиде. Фоном для них были постоянные вторжения в Сирию и Палестину персидских арабов, провоцировавших ответные вторжения имперских войск в персидскую Армению. Крупное столкновение двух держав, империи и Ирана, произошло в Колхиде из-за того, что сначала в 522 г. под покровительство империи перешло расположенное там царство Лазика (совр. Имеретия), а затем и соседнее царство Иберия (совр. Картли). Персидское войско вторглось в Иберию и из нее через горные проходы — в гористую и труднопроходимую страну лазов. Из империи туда был послан сначала небольшой отряд союзных гуннов под командованием военачальника Петра, а затем более крупные силы. Однако из-за трудностей со снабжением пограничные укрепления были потеряны римлянами, а отвлекающие удары по персидской Армении и Месопотамии (в район Нисибина) окончились поражениями. Умершему Юстину наследовал Юстиниан
(527–565), бывший до этого долгое время единственным на тот период презентальным магистром. Юстиниан вскоре после восшествия на престол ставит во главе крупных армейских группировок своих выдвиженцев, еще недавно бывших в лучшем случае лишь его букцелляриями, тогда как при Юстине сам Юстиниан был презентальным магистром. Надо полагать, что и знаменитый полководец двоюродный брат императора Юстиниана Герман, бывший при Юстине магистром Фракии, а затем презентальным магистром при Юстиниане, также смог воспитать способных командиров из своего окружения[99]. Так происходит выдвижение нового поколения военной элиты империи, из которой вскоре выделятся многие талантливые полководцы: Велизарий, Ситта, Мунд, Хильбудий, Бесса, Мартин и Валериан.Юстиниан проводит серию реформ в управлении армией в 535–536 и в 547–553 гг.[100]
Вслед за Юстином он предоставляет отдельным магистрам чрезвычайные полномочия в виде ранга стратига-автократора, но постепенно из чрезвычайных они становятся обычными. Теперь на театр военных действий направляется не огромная презентальная армия, а лишь стратиг-автократор с небольшим гвардейским отрядом, состоящим из его букцелляриев и, если возможно, из нескольких частей федератов или регулярной армии.