С конца 80-х годов Яковлев осуществлял прикрытие деятельности прибалтийских сепаратистских движений («крышевал», как бы сейчас сказали), участвовал в фальсификации катынского дела, за что впоследствии был награжден высшими орденами Литвы, Латвии, Эстонии и Польши. Начиная с 1988 г. в Прибалтике периодически проходили митинги с абсурдным требованием признания советско-германского Договора о ненападении 1939 г. недействительным и выхода республик из состава СССР. Осенью 1988 г. Яковлев выехал в Прибалтику, где приложил немало усилий для разворачивания сепаратистских движений. Местные националисты радостно восприняли такое содействие, как поощрение со стороны верховной власти, о чем неоднократно заявляли впоследствии, как например Витаутас Ландсбергис, тогдашний председатель Верховного Совета Литвы:
23 августа 1989 г. в годовщину подписания советско-германского договора, десятки тысяч жителей Литвы, Латвии и Эстонии образовали живую цепь через всю территорию Прибалтики в знак протеста против пакта «Молотова — Риббентропа». Идиотизм? Массовая историческая паранойя? Нет, всего лишь весьма распространенный прием воздействия на общественное мнение. Для начала «горячей» фазы развала СССР требовалось, чтобы центральная власть хотя бы косвенно признала, что Прибалтика была оккупирована Сталиным после циничной сделки с Гитлером.
Но чтобы Съезд народных депутатов — высший законодательный орган страны рассмотрел этот вопрос, нужно было создать повод. Ведь фактически не было никаких причин, чтобы давать оценку хоть и важному внешнеполитическому акту, но утратившему юридическую силу почти полвека назад, относящемуся еще к довоенной эпохе. О «секретных протоколах» до того времени абсолютное большинство советских граждан и слыхом не слыхивало. Поэтому доклад Яковлева и якобы принятое депутатами постановление играли важную роль в подрыве легитимности Советского Союза.
Регулировалась работа яковлевского «министерства правды» с помощью государственных и партийных финансовых рычагов, но кто был мозговым центром компании по разрушению сознания народа Советского Союза, до конца не ясно. Современники почти единодушно отдают пальму первенства академику Яковлеву, как главному идеологу перестройки. Вот, какую оценку вклада Яковлева в уничтожение СССР дает Валерий Легостаев в упомянутой статье: