Эпоха господства клана Тайра известна как период Рокухара (1156–1185). Он подошел к концу после того, как Минамото Ёритомо (1148–1199), чья жизнь была спасена после поражения его клана в 1160 году, сумел поднять и объединить кланы, враждебные Тайра. Под его командованием эти силы нанесли поражение Тайра при Итинотани (1184), Ясима (1185) и Данноура (1185). Этот военачальник, которого вырастили в Идзу вассалы клана Тайра (хитроумное семейство Ходзё), как правило, использовал искусных полководцев для достижения решающего преимущества на поле боя – таких людей, как его младший единокровный брат Ёсицунэ и его кузен Ёсинака. Однако оба этих человека и их семьи были сразу же устранены (их либо вынудили совершить самоубийство, либо открыто убили) после того, как они одержали для него великие победы. После этого Ёритомо присвоил себе титул
Ёритомо основал свой центр военного командования, известный как полевая ставка или палаточный штаб
После смерти Ёритомо в 1199 году власть клана Минамото перешла к семье Ходзё, члены которой, будучи вассалами Тайра, укрывали его в Идзу и впоследствии были щедро им вознаграждены[6]. Они проявили себя как умелые государственные деятели, искусно маневрируя, чтобы подавить бунт придворной знати в 1221 году, реорганизовать порядок наследования престола и правила избрания придворных чиновников, перераспределить конфискованные земли между феодальными правителями, издать один из первых феодальных сводов законов («Дзёэй сикимоку»), реформировать механизм управления и сбора налогов в стране, собрать кланы для отражения монгольского нашествия в 1274 и 1281 годах, развивать искусство и литературу (в основном эпического и военного содержания) и способствовать распространению буддистской школы Дзен, чья аскетическая простота мысли и действия оказалась по вкусу прагматичной душе воина.
Однако усилия, предпринятые для отражения нашествия монголов, серьезно опустошили финансовые ресурсы феодальных правителей, и началась новая эра изменения существующего порядка землевладения: торговцам было запрещено требовать уплаты задолженности с воинов; новые и старые земли были насильственно присвоены государственными чиновниками, которые объявили себя владельцами территорий, ранее переданных под их контроль; сильные землевладельцы расширяли свои поместья за счет слабых соседей.
В это смутное время император Годайго попытался объединить недовольных феодалов против правительства Камакура. После нескольких попыток и с помощью Такаудзи из клана Асикага (изначально посланного против него властями Камакура) в 1334 году Годайго сумел в определенной степени восстановить императорскую власть.