Со временем обычай превратился в своеобразное «искусство», признававшееся наилучшим выходом в ряде ситуаций. Если два самурая равного ранга поссорились — когда один оскорбил, высмеял или оклеветал другого — то они, по крайней мере, теоретически, имели право и даже были обязаны разрешить спор в поединке. Но в мирную эпоху Токугава по закону каждое убийство должно было расследоваться даймё или господином. Самураям порой дозволялось улаживать «внутренние проблемы» с помощью оружия. Поэтому, если поединок и его исход признавались «оправданными», дело закрывали и убийцу прощали. Если же по каким-то причинам (политическим либо социальным) это оказывалось невозможно, уцелевшему самураю приказывали совершить сэппуку. За исполнением приказания должным образом следили.
В самой столице, Эдо, самураям ни при каких обстоятельствах не позволялось мстить обидчику. Воины имели право носить короткие мечи, но обнажать оружие в замке сёгуна строго запрещалось. Исключением могла быть признана необходимость самообороны. Преступивший данный закон приговаривался к сэппуку. Вот пожалуй самый знаменитый случай. Господин Асано (Такуминоками) был, в числе прочих, назначен встречать императорских посланцев, которые каждый год прибывали в замок Эдо. По неизвестной причине исполнитель церемоний Кира Кодзукэносукэ посоветовал Асано облачиться в неофициальные, неподходящие для торжественного случая, одежды. К своему великому стыду, когда посланцы прибыли, Асано обнаружил, что одет неправильно.
Асано приказали покончить с собой в тот же день.
Вассалы Асано не смогли сразу же отомстить за своего господина. Сорок семь ронинов — самураев, лишившихся господина — два года ничем внешне не выдавали своих намерений и жили обычной жизнью. Однако как только представилась возможность, они ворвались в дом Кира и убили его. Многие восхваляли их поступок, считая, что они достойно отомстили за своего господина, но сёгунат приказал им всем совершить сэппуку.
Такую смерть самураи считали почетной. Самурай избегал позора публичной смерти от рук палача (как поступали с преступниками, выходцами из других сословий) или же другого самурая. Один старый самурай вспоминал, как он участвовал в публичной казни только для того, чтобы еще раз «почувствовать» меч:
Самураю же, даже виновному в преступлении, заслуживающем смерти, дозволялось покончить с собой самому и тем самым сохранить честь. Смерть в таком случае искупала позор его деяния. Кроме того, сэппуку смывало позор и со всей его семьи, что позволяло сыновьям унаследовать имя, положение и имущество отца, ведь семья
Кроме того, порой сэппуку совершали для того, чтобы выразить протест. Мы уже приводили слова Нитобэ о том, что бусидо обязывало преданного вассала совершить сэппуку, если господин ведет себя недостойно. В таком случае сэппуку было последним способом воззвать «к разуму и сердцу» господина, убедить его в ошибочности его действий. В начале периода Токугава подобное сэппуку совершил один местный чиновник.
Судзуки Сигэнари (младший брат упоминавшегося нами Судзуки Сёсана, самурая, ставшего монахом) принимал активное участие в подавлении сёгунатом «христианского» мятежа в Симабара (Кюсю) в 1637—1638 годах, после чего был назначен управляющим этой областью. Вскоре он понял, что причиной восстания явилось не столько христианское вероисповедание местных крестьян, сколько высокие налоги и многочисленные поборы. Он начал выступать за снижение налогов. Его первая петиция к сёгунату осталась без ответа. Когда же и второе обращение к центральным властям было отвергнуто, он покинул свой пост. Попав в немилость и с единственной надеждой, что его смерть обратит внимание сёгуната на порочную политику в области налогообложения, Сигэнари вернулся в свой дом в Эдо и совершил сэппуку в знак протеста.