В течение нескольких недель Яна допрашивал капитан советского МВД, которому помогала переводчица в форме. Его обвинили в попытке сбежать к американцам, чтобы выдать им «секретную» информацию о мосте, который он строил. Однажды Ян потерял самообладание и сказал советскому офицеру все, что о нем думал. Для пущей убедительности он плюнул ему в лицо. За это его жестоко избили, и, чтобы отбить у него навсегда охоту к таким выходкам, переводчица вонзила ему в плечо металлический нож для вскрытия конвертов.
Кончик ножа отломался, но следователь не стал вызывать врача, чтобы извлечь его. С тех пор Яна приковывали наручниками к трубе отопления, и каждый допрос начинался с побоев. «Довольно скоро мне стало ясно, что если я не подпишу ту чушь, которую они сварганили, то живым отсюда не выйду, — рассказывал Ян. — И тогда я подписал это липовое признание». Три дня спустя он уже предстал перед советским военным трибуналом, и пяти минут хватило на то, чтобы приговорить его к двадцати пяти годам исправительно-трудовых работ.
Ян попал в тюрьму особого режима «Баутцен-II». За то, что он осмелился заговорить с другими заключенными, надзиратель ударил Яна дубинкой по правой почке. Много недель спустя после этого моча Яна была окрашена в розовый цвет. Медицинская помощь заключенным не оказывалась. За малейшие нарушения заключенных бросали в карцер размером двенадцать на четырнадцать дюймов. Продолжительность пребывания там зависела от настроения надзирателя. «Мне несколько раз приходилось побывать там. При везении вы выбирались оттуда через два часа. В худшем случае — находились там восемь часов. Когда открывали дверь, вы просто вываливались наружу», — вспоминал Ян. В 1950 году пища, и без того скудная и почти несъедобная, стала еще хуже. 31 марта 1950 года заключенные устроили бунт в столовой. Надзиратели скрылись, и в тюрьму для подавления бунта были вызваны подразделения Народной полиции. Охранники поливали водой из брандспойтов окна столовой, чтобы отогнать заключенных, которые скандировали: «Мы обращаемся к Женевскому Красному Кресту! Требуем свободы!». Заключенные могли видеть людей, стоявших на прилегающих к тюрьме улицах и махавших им руками. Эти люди разбежались, когда тюрьму окружили советские войска и танки. Внезапно двери в столовую распахнулись и внутрь ворвались полицейские. Первую атаку заключенные отбили, но в конце концов от них осталась лишь огромная куча окровавленных, стонущих тел.
В декабре 1950 года Яна вызвали в кабинет начальника тюрьмы Густава Шульца (которого он прозвал «Хунде Шульц» — Шульц-Собака). Ему дали бумагу и карандаш и приказали написать стихи, которые он сочинял и распространял среди заключенных, один из которых, очевидно, донес на него.
— Какие стихи? — спросил Ян. Тогда Шульц избил его плеткой. Ян действительно написал стихи. В них выражалась надежда на то, что свобода восторжествует над рабством. В последней строфе одного из стихотворений говорилось: «Стены рухнут, решетки рассыпятся в прах, самым ценным для нас всегда будет золотая свобода, и тогда ты будешь смеяться со слезами на глазах над болью, давно забытой». Пристрастие к поэзии стоило ему четырнадцати дней карцера. Восемь дней с Яна не снимали наручников, и раз в два дня давали одну только миску баланды. Затем наручники сняли и кормить стали каждый день. После карцера Яна послали работать в пошивочную мастерскую, где он, по его словам, научился многому, что ему пригодилось после освобождения.
Внезапно, 16 января 1954 года, Яна освободили. Ему и другим заключенным выдали новую одежду, обувь, по две пачки сигарет и по пакету бутербродов. Затем им дали подписать бумагу. Это было обязательство не выезжать из ГДР, не разглашать сведения о тюремных порядках и сотрудничать со Штази.
— Главным было выбраться отсюда, — объяснил Ян. — Все остальное могло подождать. Я подписал.
Он получил десять марок, документ об освобождении и железнодорожный билет до Штраусберга, где жила его мать. По прибытии туда он, как было предписано, отметился в полиции.
Через три дня ему надлежало снова явиться в полицию, но вместо этого он тайно пробрался в Западный Берлин, где зарегистрировался в лагере беженцев.
На самолете его отправили в другой лагерь, в Западную Германию, там он работал слесарем в мастерской.