Последний год своей жизни Елизавета Петровна почти весь пролежала в постели. В ноябре 1761 года болезнь резко усилилась, а с середины декабря медики уже не верили в выздоровление императрицы. Ее мучили приступы жестокого кашля и сильная, часто повторяющаяся рвота с кровью. Уже на смертном одре Елизавета Петровна, мостя собственной душе дорогу в Царствие Небесное, амнистировала 13 000 контрабандистов и 25 000 должников, чьи долги были менее 500 рублей.
Соборовавшись и причастившись, но еще находясь в сознании, императрица передала безутешно плакавшему И. И. Шувалову, не покидавшему ее ни на минуту, ключ от шкатулки, где хранились золото и драгоценности стоимостью в 300 000 рублей. Шувалов и прежде видел эту шкатулку и знал о ее содержимом. Когда Елизавета умерла, он передал все ценности в государственную казну.
Ненавидевший Дом Романовых генеалог и историк князь Петр Владимирович Долгоруков написал сто лет спустя, что 25 декабря 1761 года в четвертом часу дня «истомленная распутством и пьянством Елизавета скончалась на пятьдесят третьем году от рождения, и дом Голштейн-Готторпский вступил на престол всероссийский». И это было действительно так, ибо российский императорский дом с этих пор только назывался Домом Романовых, но по крови он стал превращаться в чисто немецкий. Уже Анна Петровна русской была лишь наполовину, Петр Федорович — на одну четверть, а далее у императоров процент русской крови становился все меньше и меньше: российскими императрицами были за малым исключением только немецкие принцессы.
Петр Федорович и Екатерина Алексеевна последние дни почти целиком проводили у постели умирающей. Как только Елизавета Петровна скончалась, из ее спальни в приемную вышел старший сенатор, князь и фельдмаршал Никита Юрьевич Трубецкой, и объявил, что ныне «государствует его величество император Петр III».
Новый император тут же отправился в свои апартаменты, а у тела усопшей осталась Екатерина Алексеевна, которой Петр III поручил озаботиться устройством предстоящих похорон.
Вечером 25 декабря 1761 года Петр III, уже провозглашенный императором, учинил в куртажной галерее — традиционном месте проведения веселых придворных праздников — радостное пиршество, во время которого многие не скрывали ликования в связи со случившимся. И прежде всего сам Петр Федорович.
Первой важной переменой стала отставка генерал-прокурора князя Якова Петровича Шаховского и назначение на его место Александра Ивановича Глебова. По поводу этой перемены Екатерина заметила: «То есть слывущий честнейшим тогда человеком отставлен, а бездельником слывущий и от уголовного следствия спасенный Петром Шуваловым сделан на его место генерал-прокурором».
Организацией похорон пришлось заниматься Екатерине Алексеевне, а Петр Федорович был занят другими делами: он переселил И. И. Шувалова из его покоев и разместился там сам, а Елизавете Воронцовой велел поселиться рядом. Все дни до погребения Елизаветы Петровны он ездил из дома в дом, празднуя Святки и принимая поздравления с восшествием на престол, что не только изумляло, но и возмущало жителей Петербурга.
Екатерина, облаченная в черные одежды, делила свое время между церковными службами и устройством предстоящей церемонии погребения, ее искренне печалила смерть императрицы. Это видели и окружающие, отметившие огромную разницу в отношении к смерти и похоронам Елизаветы Петровны со стороны двух супругов.
Двадцать пятого января 1762 года, ровно через месяц после смерти, тело Елизаветы Петровны погребли в Петропавловском соборе.
А еще через три недели Петр III обнародовал самый значительный свой законодательный акт — Манифест «О даровании вольности и свободы всему Российскому дворянству», который историки потом сравнивали с Манифестом об освобождении крестьян, вышедшим ровно через 99 лет, 19 февраля 1861 года, только в отношении свобод дворянскому сословию.
На самом же деле автором Манифеста был секретарь Петра III Дмитрий Васильевич Волков, а история создания документа весьма курьезна.
Дело заключалось в том, что Петр III незадолго до того увлекся одной из первых красавиц Петербурга, княжной Еленой Степановной Куракиной, и ему нужно было улизнуть к ней хотя бы на одну ночь от опостылевшей Елизаветы Воронцовой, о которой известный историк князь Михаил Михайлович Щербатов писал: «Имел государь любовницу — дурную и глупую, графиню Воронцову, но ею, взошед на престол, доволен не был, а вскоре все хорошие женщины под вожделение его были подвергнуты. Утверждают, что Александр Иванович Глебов подвел падчерицу свою, Чоглокову, уже упомянутая выше княгиня Куракина была привожена к нему на ночь Львом Александровичем Нарышкиным, и я сам от него слышал, что бесстыдство ее было таково, что когда по ночевании ночи он ее отвозил домой поутру рано и хотел для сохранения чести ее, а более, чтобы не учинилось известно сие графине Елизавете Романовне, закрывши гардины ехать, она, напротив того, открывая гардины, хотела всем показать, что она с государем ночь переспала.