Перед лицом близящегося испытания францисканцы вдруг стали устраивать всяческие проволочки, из чего можно было заключить, что их претендент начинает сдавать. Сначала они выразили опасение, что брат Бонвичини – чародей и поэтому может иметь какой-нибудь талисман или амулет, хранящий от огня. Они потребовали, чтобы он в присутствии свидетелей переоделся в другое платье. Тот не возражал и, униженный подобным подозрением, переменил рубаху, подрясник и рясу. Тогда францисканцы, увидев, что Савонарола вручил брату Бонвичини дароносицу, возмутились: дескать, предавать Святые Дары огню – это профанация, такого уговора не было, и, если брат Бонвичини не откажется от этой сверхъестественной помощи, они в испытании участвовать не будут. Савонарола ответил, что в этом нет ничего удивительного: человек вручил себя Господу и держит в руках частичку плоти Того, от кого ждет спасения. Ответ францисканцев не удовлетворил, и от своего требования они решили не отступаться. Савонарола тоже стоял на своем, как скала, и почти четырехчасовая дискуссия ни к чему не привела. Тем временем народ, с самого утра заполнивший улицы, террасы и крыши и уже страдавший от голода и жажды, начал проявлять нетерпение, которое вскоре переросло в ропот, достигший ушей спорщиков. Сторонники Савонаролы, безгранично верившие в него и в чудо, стали уговаривать монаха уступить. Савонарола ответил, что уступил бы, если бы подвергался испытанию сам, но поскольку на костер должен взойти другой, он должен принять все меры предосторожности. Прошло еще два часа, в течение которых сторонники доминиканца тщетно пытались сломить его упорство. Наконец, когда уже начало смеркаться и ропот зрителей сделался угрожающим, Бонвичини заявил, что готов взойти на костер с одним распятием в руке. В этом ему отказать не посмели, и брат Рондинелли был вынужден согласиться. Тогда народу объявили, что претенденты пришли к согласию и испытание вот-вот начнется. Публика успокоилась в надежде, что будет вознаграждена за долгое ожидание, но тут долго собиравшаяся над Флоренцией гроза разразилась с такою силой, что костер мгновенно залило дождем и разжечь его уже было невозможно. Толпа почувствовала себя обманутой, и ее энтузиазм уступил место негодованию; не зная, откуда исходили проволочки, она обвинила во всем обоих соперников. Синьория, предвидевшая возможные беспорядки, приказала всем разойтись, но люди, несмотря на страшный ливень, ожидали выхода соперников. Рондинелли был встречен шиканьем и градом камней. Савонарола же благодаря священническому облачению и Святым Дарам, которые он держал в руках, прошел через толпу беспрепятственно – чудо не менее замечательное, чем если бы он прошел через горящий костер.
Однако спасло его лишь благоговение людей перед Святыми Дарами; толпа сочла его лжепророком и, подогреваемая «Бешеными», уже давно заявлявшими, что Савонарола лжец и лицемер, с большою неохотой позволила ему вернуться в монастырь. Когда наутро, в Вербное воскресенье, он поднялся на кафедру, чтобы объяснить свое поведение, прихожане встретили его оскорблениями, криками и смехом, и он так и не сумел заставить их замолчать. Вскоре вопли и насмешки переросли в угрозы; Савонарола, обладавший слабым голосом, не смог справиться с беспорядком и, спустившись с кафедры, ушел в ризницу, а оттуда – в монастырь, где заперся у себя в келье. Тут в толпе раздался призыв, который мгновенно повторили все присутствующие: «К Святому Марку!» Двигаясь по улицам города, это ядро народного возмущения обрастало все новыми и новыми бунтовщиками, и на монастырь нахлынуло уже целое море людей. Вскоре запертые ворота монастыря треснули под напором толпы, крушившей все на своем пути, бунтовщики ворвались в здание, выволокли из келий Савонаролу и двух его учеников – Доменико Бонвичини и Сильвестро Маруффи – и препроводили их в тюрьму, осыпая оскорблениями, на которые, равно как на энтузиазм, так скора толпа. Она чуть не разорвала монахов на куски и успокоилась, только когда ей пообещали, что арестованных насильно заставят пройти испытание, на которое добровольно они не решились.
Когда Александр VI, если не лично, то по крайней мере издали приложивший руку к этому резкому повороту общественного мнения, узнал о провале и аресте Савонаролы, он сразу объявил, что доминиканца должен судить церковный суд. Однако, несмотря на многочисленные отпущения грехов, которыми папа сопроводил свое требование, синьория настояла на том, чтобы процесс Савонаролы слушался во Флоренции, и, не желая, чтобы создалось впечатление, будто обвиняемым занимается исключительно папский суд, попросила добавить к флорентийскому трибуналу двух судей из духовного сословия. Александр VI, видя, что от великолепной республики больше ничего не добьешься, послал туда венецианца Джакомо Туррьяно, генерала доминиканского ордена, и Франческо Рамолини, доктора права, которые привезли с собой судебное решение, где Савонарола и его сообщники объявлялись еретиками, схизматиками, гонителями святой церкви и соблазнителями народа.