В области начались столкновения осетинских и грузинских вооруженных формирований, в которые активно вмешались внутренние войска МВД СССР.
В ответ на действия югоосетин, 10 ноября 1989 года Совет народных депутатов автономной области принял решение о ее преобразовании в автономную республику. 20 сентября 1990 года Юго-Осетинский областной совет принял декларацию, согласно которой автономная область провозглашалась Юго-Осетинской Советской Демократической Республикой. 9 декабря прошли выборы Верховного Совета Юго-Осетинской Республики. Но грузинский парламент не только отменил это решение, но и 11 декабря вообще ликвидировал автономию.
На следующий день президиум Верховного Совета Грузинской ССР ввел на территории Цхинвали и Джавского района Юго-Осетинской АО чрезвычайное положение. По приказу спикера парламента Грузии Звиада Гамсахурдиа в ночь на 6 января грузинская милиция и полувоенные части вошли в Цхинвали и учинили жестокую расправу над беззащитным населением. Это была якобы плановая «зачистка» в поисках оружия. Уже 7 января президент СССР Горбачев издал указ, отменяющий как решение Верховного Совета Южной Осетии о провозглашении отколовшейся республики, так и решение грузинского Верховного Совета об отмене автономии Южной Осетии.
Тем не менее столкновения резко активизировались, началась блокада автономии. Более 10 тысяч человек бежали из Южной Осетии в Северную (еще около 30 тысяч осетин покинули внутренние районы Грузии).
И в этот момент Гамсахурдия заявил, что Грузия возвращается к Конституции 1921 года. Но ирония судьбы состояла в том, что по этому документу ни Южная Осетия, ни Абхазия в состав Грузии не входили!
В ответ 19 января 1992 года в Южной Осетии состоялся референдум по вопросу «О государственной независимости и (или) воссоединении с Северной Осетией», в ходе которого большинство голосовавших высказались за эти идеи. В ответ в Южную Осетию были введены части Республиканской гвардии Грузии с тяжелой техникой.
Встретив упорное сопротивление, грузины долго и безуспешно осаждали Цхинвали и ряд других населенных пунктов области.
Всего в ходе боевых действий безвозвратные потери (убитые и пропавшие без вести) осетинской стороны составили 1000 человек, ранено — свыше 2500. В разгар боев — 29 мая 1992 года — в Южной Осетии был принят «Акт о государственной независимости республики».
На следующий день Кремль ввел чрезвычайное положение в населенных осетинами районах Южной Осетии. Чантурия описал решение Гамсахурдии отменить автономию Южной Осетии как политически не оправданное и преждевременное до тех пор, пока Грузия не стала полностью независимой, так как Кремль мог использовать его для разжигания национальной розни.
24 июня 1992 года по итогам встречи Ельцина и Шеварднадзе было опубликовано Коммюнике, согласно которому в Сочи обсуждались «российско-грузинские отношения». В рамках этих отношений президент России, добиваясь от Грузии прекращения войны в Южной Осетии, декларировал целый ряд выгодных для грузинской стороны условий. В их число входили признание суверенитета, независимости и территориальной целостности Грузии. При этом Ельцин поддержал намерение Грузии стать членом ООН и обещал, что Россия в качестве постоянного члена Совета Безопасности этой организации будет содействовать вступлению Грузии в эту организацию.
Что касается югоосетинской проблемы, то в рамках ее решения стороны подписали «Соглашение о принципах урегулирования грузино-осетинского конфликта». В переговорах в Сочи и разработке статей Соглашения участвовали также представители Южной и Северной Осетии. Однако под соглашением были поставлены подписи президента России и председателя Госсовета Грузии.
Главное достижение сочинского Соглашения заключалось в прекращении войны и создании смешанной Контрольной Комиссии и смешанных сил «по установлению мира и подержанию правопорядка», а также демилитаризация зоны конфликта.
14 июля 1992 года в зону грузино-осетинского конфликта, на основании международных договоренностей, были введены вооруженные подразделения Смешанных сил по поддержанию мира. В состав миротворческого контингента входили по одному мотострелковому батальону от Грузии, Республики Северная Осетия — Алания и Российской Федерации. Общее руководство ССПМ осуществлялось Объединенным штабом, при котором находилась группа военных наблюдателей, представляющих те же стороны. Решение о применении воинских контингентов в случае нарушения условий прекращения огня одной из сторон принимается командующим ССПМ с целью восстановления мира с уведомлением Смешанной контрольной комиссии (СКК) по урегулированию грузино-осетинского конфликта.
До августа 2008 года конфликт был, образно говоря, словно в «замороженном состоянии». Даже Грузия не предъявляла осетинам никаких претензий в отличие от жестких заявлений по Абхазии. Но, как показали дальнейшие события, конфликт далеко не исчерпан.