Затем наступил 1944 год, когда советские войска перешли в наступление. Гитлеровцы предприняли целый комплекс мероприятий по захоронению художественных и исторических ценностей на территории Германии, в частности в Восточной Пруссии. Эти ценности нацисты планировали использовать в дальнейшем для возрождения своей партии и, помимо этого, в качестве надежного источника существования в послевоенные годы. Среди эвакуированных трофеев оказалась и Янтарная комната, которая, судя по многочисленным свидетельствам и документам, должна была оказаться на территории Восточной Пруссии, точнее — в Кёнигсберге.
Янтарная комната была демонтирована гитлеровскими захватчиками в городе Пушкине в 1941 году, затем тщательно упакованные детали демонтажа были перемещены в Германию, но к 1944–1945 годам ящики с бесценным грузом уже оказались в Кёнигсберге. О том, что Янтарная комната находилась именно в этом городе, свидетельствуют как документы, так и живые люди, среди которых и непосредственные участники захоронения (военнопленные и угнанные на работы в Германию), и случайные свидетели захоронения. Есть и такие граждане, которые видели ценности уже после взятия города советскими войсками, а некоторые просто слышали от других о месте захоронения. Одним словом, все свидетели указывали на город Кёнигсберг как на место захоронения Янтарной комнаты.
Причем не только Янтарная комната была эвакуирована в этот город. По многочисленным свидетельствам, сюда перевозилась подавляющая часть культурных ценностей, вывезенных с территории Прибалтики, Украины, Белоруссии, ряда областей Российской Федерации, бывшего Генерал-губернаторства (Польша), а также тех, что находились в немецких государственных учреждениях, частных коллекциях, культовых сооружениях и пр. Все они были рассредоточены как в городе, так и в его окрестностях.
Однако не исключается и возможность вторичной эвакуации некоторых ценностей из Кёнигсберга в глубь Германии, где они были укрыты в заранее подготовленных местах. Зарубежные же исследователи, среди которых Георг Штайн и Пауль Энке, придерживаются «морской версии» и полагают, что многие произведения искусства были утеряны во время транспортировки морем в конце 1944 — начале 1945 года или же погибли во время укрытия в глубоких шахтах и соляных копях.
Только по поводу нынешнего нахождения Янтарной комнаты существует свыше двухсот пятидесяти версий, каждая из которых в свое время была тщательно проработана, и ни одна из них не принесла желаемого результата — легендарная комната словно испарилась, канула в Лету. На территории самой западной части Российской земли, в Калининграде (бывший Кёнигсберг), в Балтийске, Черняховске и Правдинске, а также в мелких деревеньках и бывших хуторах исследователи пытались отыскать знаменитую комнату — и все тщетно. Сколько было организовано поисковых экспедиций, каждая из которых дюйм за дюймом перекапывала предполагаемые места захоронения! Но все до единой поисковые работы заканчивались очередным разочарованием и досадой. Янтарная комната превратилась в одну из самых интригующих тайн XX века.
Поиски этой комнаты начались в 1945 году. Работник исторического музея, доктор исторических наук Александр Яковлевич Брюсов был откомандирован в Кёнигсберг для поиска награбленных немцами сокровищ. К этому моменту город был разрушен в ходе боевых действий до основания, однако советскому ученому удалось провести ряд успешных работ. Так, под развалинами одного немецкого замка были обнаружены некоторые музейные предметы и некий документ, свидетельствующий о существовании тайника — бункера, где нацисты спрятали некоторые произведения искусства. В дальнейшем этот загадочный бункер приобрел главенствующее положение среди прочих версий о возможном месте нахождении Янтарной комнаты.
Профессору Брюсову удалось отыскать бункер. В начале он вышел на доктора Альфреда Роде, директора художественных собраний Кёнигсберга, который, безусловно, знал о его существовании. Брюсов подробнейшим образом описал в своем дневнике первое посещение бункера: «Бункер помещался на Штайндамме с левой стороны улицы, если идти от замка, на углу пересечения Штайндамма и Розенштрассе или, может быть, во втором доме от угла. В бункер вела длинная лестница, вход на которую находился с правой стороны дома. Внизу, спустившись на 4 или 5 этажей (точно не помню), мы оказались в прекрасно оборудованном бомбоубежище. Тут были спальни, комнаты для детей и ряд комнат, служивших, по-видимому, для хранения вещей, как можно было заключить по разбросанным на полу картинам, скульптурам и пр. Но, вероятно, тут уже побывали люди и вынесли отсюда все ценное. Осталось только то, что не стоило и собирать, поскольку оно не представляло никакого интереса. Выбрав две-три лучшие вещи, мы вышли из бункера». Итак, бункер, где советские исследователи надеялись отыскать спрятанные гитлеровцами сокровища, оказался пуст.