Некоторая нормализация отношений государства и Московской патриархии в период военных действий и в первые послевоенные годы, когда советское правительство передало из тех же антирелигиозных музеев некоторые реликвии, было направлено на реализацию своих далеко идущих планов, для чего Русской православной церкви были переданы некоторые храмы. В 1946 году в Троице-Сергиеву лавру торжественно возвращены на своё место мощи преподобного Сергия Радонежского. В 1947 году в Патриарший Богоявленский собор были перенесены мощи святителя Московского Алексия. Возвращены мощи Тихона Задонского, Иоанна Тобольского.
Вновь приняла реки православных паломников иноческая колыбель — Киево-Печерская лавра.
Весной 1947 года Святейший патриарх Алексий направил в правительство прошение с просьбой о передаче Казанского собора в Ленинграде для нужд церкви. Только решительный протест Бонч-Бруевича не позволил возвратить прежний статус этой жемчужине РПЦ. «Я лично... высказываюсь решительно против, — писал Бонч-Бруевич в письме на имя директора Института истории академика Бориса Дмитриевича Грекова. — С деловой точки зрения мы и не можем этого сделать, ибо сосредотачиваем там всё прошлое имущество нашего музея. Как ленинградского, так и московского. Другого же помещения ни в Москве, ни в Ленинграде у нас нет... 12 мая 1947 года»190
.Казанский собор так и не был передан РПЦ, а помещение храма, не приспособленного для мирских проблем, заполнялось рулонами картин, баулами и ящиками с музейными экспонатами, предметами культа и мощами. До сентября 1948 года в Казанский собор поступили мощи преподобного Серафима Саровского и оставлены на хранение в одном из подсобных помещений. Работа над приёмом и оформлением фондов продолжалась долго. Вплоть до своей смерти в 1955 году Бонч-Бруевич пытался навести порядок в подведомственном ему хозяйстве. Только в 1952 году работники музея приступили к разборке архива ЦАМ, содержащего «списки того, куда и что ЦАМ отправлял из своих фондов». До 1952 года 30 ящиков с негативами и фототека ЦАМ находились на историческом факультете МГУ в Москве.
8 сентября 1948 года Бонч-Бруевич направляет письмо Карпову:
«Я обещал вам дать список всех мощей: которые находятся в Музее истории религии в Ленинграде, куда влились все экспонаты Московского музея истории религии. Я недавно был в Ленинграде и там, на месте, был составлен следующий список:
Серафима Саровского,
Иоасафа Белгородского,
Александра Невского,
Ребро св. Альфонса,
Мумифицированный труп фальшивомонетчика и мелкие частицы мощей разных католических святых,
“Умученный от жидов” — останки отрока Михаила.
Надо решить вопрос, как быть со всеми этими предметами: нужно ли их нам хранить, или нужно просто предать сожжению в крематории?
Я был бы очень рад, если бы Вы мне дали бы по этому поводу добрый совет и может быть нашли бы нужным снестись с Советом Министров, чтобы так или иначе решить это дело»191
.На письмо последовал ответ:
«Глубокоуважаемый Владимир Дмитриевич!
На Ваши письма от 8 и 9 сентября с. г. о церковной утвари и т. н. “мощах”, т. е. об имуществе музея, не представляющем музейной, художественной или исторической ценности, я могу сейчас только сообщить Вам, что занимаюсь этим вопросом и, вероятно, сумею решить его только в конце октября или в начале ноября месяца с. г.
Исходя из этого, прошу Вас немного обождать с окончательным решением вопроса.
С какими предложениями я буду входить в инстанцию, я предварительно с Вами согласую. Я полагаю, что все упомянутые Вами предметы и тем более “мощи” находятся в складе, а не в качестве экспонатов музея.
С приветом.
О состоянии дел в музее можно судить по письмам директора своему заму по научной части Якову Ильичу Шурыгину.
«9 февраля 1954 года.
я просмотрел все акты приёма экспонатов, присланных в Музей. Был крайне удивлён составлением описей номеров, а не предметов, что абсолютно запрещено по совершенно понятным причинам. Охранные описи или приёмочные акты составляются на предметы — большие или малые, это всё равно — а не на номера их. Ведь это же азбука музейного дела. Как вы могли допустить это в данном случае, прямо-таки непонятно.
Нет ли у нас и ещё таких порочных актов?»193
Или вот ещё одно очень интересное письмо от 12 марта этого года.