В 1780 году, будучи послушником, он сделался болен. Особенное смотрение за ним тогда имел оной Пустыни Казначей Иеромонах Иосиф. Как Прохор от болезни пришёл в крайнее изнеможение сил, так что опасались и за жизнь его; то Строитель Пахомий предлагал ему призвать лекаря, или отворить кровь. Но Прохор отвечал ему: я предал себя Истинному Врачу душ и телес, Господу нашему Иисусу Христу, и Пречистой Его Матери, Преблагословенной Деве Марии. Строитель, услышав сие, более не напоминал ему о лекарствах. Казначей же Иосиф, по любви своей к болящему, предложил Строителю, что желает он о здравии Прохора совершить всенощное бдение и литургию, и приобщить его Святых Тайн, на что Строитель и согласился. По отслужении Казначеем Иосифом всенощнаго бдения и литургии, Прохор был приобщён тела и крови Господней, принесённых ему в келлию после литургии, и в таком положении оставлен.
В следующую ночь сподобился он Божественнаго некоего посещения, и получив облегчение от болезни, в скором времени совершенно выздоровел.
1786 года Августа 13-го дня, по Указу Святейшаго Синода, пострижен он в монашество Строителем, Иеромонахом Пахомием, и дано ему имя Серафим. Приняв новое имя Ангельское, он отвратил очи свои, еже не видети суеты, и изменяясь изменением Божественным, направил путь свой внутренним вниманием и умным Боговидением к вечному солнцу правды, Христу Богу, имя Коего носил он непрестанно в сердце и устах своих; с горящим усердием он начал подвизаться о приближении любовию ко Господу, и деятельным образом узнал, что любовь возвышает ум наш к Богу, и Бог нисходит к нам, как и Сам Спаситель сказал: Любяй Мя, возлюблен будет Отцем Моим: и Аз возлюблю его, и явлюся ему Сам (Иоанн. 14, 21). Во время соборной молитвы с братиею, он предстоял Господу со вниманием, непоколебимо, как телом, так и духом.
1787 года в Декабре месяце посвящён он во Иеродиакона Преосвященным Виктором, Епископом Владимирским и Муромским. Приняв сие священное служение, он усугубил ревность и усердие к Господу Богу и к Святой Его Церкви, так что в продолжении трёх лет со времени посвящения в сию степень, то находился он в чину чреды у поздней литургии, то служивал в ранних литургиях по разным храма обители, и после каждой службы занимался, то приведением в порядок Священной утвари, то попечением о чистоте олтаря. Усердие его к храма Божиим было столь велико, что часто целые дни препровождал в оных, следуя гласу Пророка: Изволих приметатися в дому Бога моего паче (Псал. 83, 11). Он там упражнялся в Богомыслии и чтении Божественных книг, и оттуда поучаяся Божественному разуму, собирал в ковчег сердца своего сокровище духовное.
Имея ум, очищенный от страстей, он неоднократно удостоивался духовных видений.
Будучи Иеродиаконом, он имел уже пустынную келлию, в разстоянии от монастыря в пяти верстах. В неё хаживал он для уединённой нощной молитвы, днём же всегда находился в монастыре.
1793 года Сентября 2-го дня посвящён он в Иеромонаха Преосвященным Феофилом, Епископом Тамбовским и Пензенским, при Строителе Пахомии. По получении новой благодати Духа Святаго, он ещё с большею любовию стал подвизаться ради Господа Бога, полагая восхождения к Нему в сердце своём. Принося Богу безкровную жертву, он вместе с сим приносил и самого себя в жертву живу, святу, благоугодну Богови, словесное служение (Рим. 12, 1).
От непрестаннаго в церкви стояния, Отец Серафим получил опухоль в ногах. По причине каковой болезни, а более, по склонности к уединённой жизни и по любви к совершенному безмолвию, он начал просить у Настоятеля Иеромонаха Пахомия благословения на жизнь пустынную или отшельническую, в подражание древним пустынножителям. Получив от Настоятеля благословение, удалился в пустынную свою келлию в 1794 году осенним временем.