Саперы заложили мины и подожгли фитили, но начавшийся проливной дождь их намочил, некоторые заряды не взорвались, а другие москвичам удалось погасить, но все же были причинены большие разрушения. Один из московских жителей вспоминал: «…меня разбудил сильный толчок, и в то же мгновение вся Москва пришла в ужас от самаго страшнаго взрыва, какой только можно себе представить. Разбитыя окна, крики женщин, всеобщий испуг, невозможность найти убежище, страх быть раздавленным падающими домами – все это распространило повсюду ужас… почти через полчаса последовали два новые удара, но уже слабее перваго; затем в меньшие промежутки было еще три взрыва, и этим все кончилось». Вот еще одно свидетельство очевидца: «Вдруг, должно быть уже за полночь, раздался взрыв в Кремле. Наш дом заколыхался, и вся мебель заходила. Мы себя не вспомнили от страха и бросались все из дома. Стоим мы среди двора и слова не вымолвим, еще в себя не придем, как загремел другой взрыв. Тут мы подумали, что пробил наш смертный час, и стали прощаться друг с другом. Помнится, что было еще три взрыва, и мы до самаго разсвета просидели на дворе».
Были подорваны башни с речной стороны крепости – Петровская, Первая Безымянная, Водовзводная, – и от взрывной волны свалилась верхушка соседней Боровицкой башни, разрушены северная часть Арсенала и прясло стены между Угловой Арсенальной и Никольской башнями, а у последней сорвало верх. Как передавал очевидец, между Угловой Арсенальной башней и Троицкими воротами он увидел «текущую беловато-серую, волнующуюся массу, которая в виде водопада с необыкновенным шумом низвергалась в бывший в то время ров». Это оказались бумаги кремлевских архивов.
Внутри Кремля пострадали Кремлевский дворец и Грановитая палата; взорваны звонница и Филаретова пристройка рядом с колокольней Ивана Великого, которая устояла.
Если можно было бы понять разграбление Кремля солдатами Наполеона или его желание получить в качестве трофеев статую Георгия Победоносца с купола Сената, двуглавого орла с Никольской башни и крест с Ивановской колокольни, то приказ Наполеона взорвать Кремль можно расценить как варварский и ничем не оправданный поступок дикаря:
Вот строки из донесения московского обер-полицмейстера Ивашкина от 16 октября 1812 г.: «Сего числа, в 12 часов пополуночи, прибыл я в Столицу, где нашел многия улицы, по распоряжению Господина Генерала-Майора Бенкендорфа от трупов людей и мертвых лошадей очищенными, и спокойствие водворено. Отправясь немедленно в Кремль, усмотрел я, что Арсенал от Никольских Ворот подорван, Грановитая Палата созжена, а Колокольня Ивана Великаго осталась посреди окружающих ее колоколен, кои также подорваны, невредимою, крест же с оной снят и взят неприятелями».
Восстановление и ремонт Кремля длились долго – в течение 20 лет. Тогда отремонтировали разрушенные здания, изменили конструкцию и вид надстройки Никольской башни, переложили наружные поверхности кремлевских стен новым, специально изготовленным кирпичом, побелили стены, а вместе с ними Троицкую, Спасскую и Никольскую башни. В 1817 г. к приезду важных гостей – русского императора Александра I и прусского короля Фридриха-Вильгельма III – Кремль стали приводить в «порядок»: снесли старинную церковь Николы Гостунского, стоявшую на Ивановской площади недалеко от Спасских ворот, и устроили столь любимое сердцу правителей место – плац-парад.
В процессе восстановления и ремонта Кремля были выстроены и новые здания: так, напротив Потешного дворца возвели три Кавалерских корпуса, стоявшие рядом друг с другом по линии улицы, а также рядом и позади – еще несколько: Офицерский, Гренадерский, Кухонный и Синодальный.
Для расширения дворцовых помещений приобрели митрополичий дом у Чудова монастыря и надстроили его третьим этажом – с 1831 г. он стал называться Малым Николаевским дворцом.
Царский дворец также сгорел в 1812 г., и к приезду императора Александра I его пришлось не только восстанавливать, но надстраивать и расширять, что и было сделано по проекту В.П. Стасова в 1816–1817 гг. Это здание простояло до начатой по указу Николая I большой перестройки в духе официозной архитектуры, выразителем которой был его любимый архитектор Константин Тон, воплотивший представления императора об «истинной» русской архитектуре. Кремль был подвергнут безжалостной хирургической операции.