Будучи человеком исполнительным, он все работы делал в срок и, по возможности, в полном объеме, рассматривая альтернативные варианты и выбирая из них • оптимальные. Всегда был предельно точным, никогда не опаздывал, берег время других. Во время беседы он был внимателен к собеседнику, уважал его мнение, соглашался или возражал оппоненту только после того, как тщательно выслушивал все доводы. В принципиальных вопросах С. А. Балакшин был предельно тверд и смело выступал в защиту идей, в правильности которых был убежден (например, об исследовании и использовании энергии сибирских рек в интересах народного хозяйства). А отстаивать в спорах свои идеи ученому приходилось часто, но он твердо верил, что их реализация принесет в недалеком будущем реальную пользу нашей стране. Время показало, что спорил он не зря. Планы по электрификации Сибири, намеченные С. А. Балакшиным, успешно реализуются в наши дни.
Являясь автором многих оригинальных технических предложений, С. А. Балакшин высоко ценил способность к творчеству и в других людях. Он и в своей семье поддерживал начинания детей и, в частности, младшего сына, который увлекался научными исследованиями в области распространения коротких радиоволн, а также конструированием радиоаппаратуры и работами по радиофикации Томской губернии. При этом оказывал сыну всяческую помощь (делал переводы сообщений и пр.) и был очень обрадован, когда удалось установить радиосвязь с радиостанциями, расположенными на всех континентах земного шара.
Всячески поощряя работы исследователей в области техники, С. А. Балакшин охотно делился с ними своим опытом. Например, когда в 20-х годах молодой рабочий Г. Н. Иванов электрифицировал одну из сельских мельниц под Томском, С. А. Балакшин посоветовал ему, "как самому изготовить генератор и в дальнейшем руководил его работой".
С. А. Балакшин любил молодежь, справедливо видя в ней продолжателя многих его начинаний. Ученый с удовольствием и подолгу работал со студентами, причем не только в институте, но и у себя дома. Особенно его внимание и заботу ошущали студенты- дипломники, которым С. А. Балакшин всегда помогал выбрать тему проекта, намечал пути его разработки. Студенты платили учителю тем же: они глубоко уважали его, ценили его мнение и зачастую делились © ним всеми своими радостями и горестями.
Чуткость, доброжелательность, предупредительность, готовность помогать— вот главное, что характеризовало отношения С. А. Балакшина к окружающим его людям. Эти качества были присущи и всем членам его семьи. Ф. Р. Вотяков, в течение 18 лет проработавший на Курганском турбиностроительном заводе в качестве кладовщика, чертежника, конструктора, монтажника гидротурбин и проектировщика, писал детям С. А. Балакшина: "Очень жаль, что Ваши родители рано ушли из жизни, я очень благодарен Сергею Александровичу и Елене Андреевне за свое воспитание. Они научили меня жить и работать, почти неграмотного деревенского мальчишку в течение 18 лет, из которых 6 лет, с 1904 по 1910 г., я прожил в Вашей семье".
Часто случалось, что С. А. Балакшин отстаивал правоту всего коллектива. Как-то в 1927 г. руководители одного из предприятий Кунгура, заказав гидротурбину на Курганском турбиностроительном заводе, усомнились в правильном изготовлении ее узлов, обвинили в этом завод и даже подали на него в суд. Приглашенный в качестве эксперта С. А. Балакшин тщательно изучил расчеты "подозреваемых" узлов и пришел к выводу об их полной технической пригодности. В результате профессиональная честь Курганского турбиностроительного завода была спасена, а суд признал иск недействительным.
Свои мысли С. А. Балакшин формулировал предельно сжато и четко. Выдавая задание, проверял его, если видел, что испольнитель не все уяснил. При этом разговаривал с собеседником тактично, стараясь не обидеть его. Он мог вспылить, но быстро успокаивался. Был учтив, вежлив, корректен и с простым человеком, и с лицом, занимающим высокий пост. Резким и нетерпимым он был лишь с наглыми и недобросовестными людьми. Зато к близким относился ласково, но одновременно был к ним требователен и строг.
С. А. Балакшин проводит практические занятия со студентами Томского технологического института, 1926 г.
Как уже отмечалось, С. А. Балакшину в различные периоды жизни приходилось заниматься одновременно разными делами. И к каждому из них, будь то турбиностроение или мукомольное производство, он подходил квалифицированно и увлеченно. Он был инженером с большой буквы, каких в то время в Сибири, да и не только в ней, было немного. Поэтому сама жизнь повелела им быть специалистами широкого профиля — конструкторами, организаторами производств, исследователями. Именно таким и был С. А. Балакшин.