На базе животноводства в Сибири было развито маслоделие. Масло, как уже отмечалось, не только поставлялось на местные рынки и в Европейскую часть России, но и экспортировалось за границу. Уже в 1890 г. Сибирь экспортировала около 1 млн пудов масла. Для оснащения маслодельных заводов требовалось большое количество разнообразного оборудования — ручные и приводные маслобойки, отжимные столы, сепараторы, фляги, молоковесы, конные приводы и т. д. В России такое оборудование не изготовляли, а закупали за границей. Более того, в начале XX в. в Сибири не было даже механических заводов и все работы велись в мелких кустарных мастерских, примитивно оборудованных, а также в кузницах и железнодорожных депо. Но и эти маломощные предприятия ощущали нехватку рабочих рук. Особенно остро Сибирь нуждалась в квалифицированных рабочих.
В 1899 г. С. А. Балакшин приехал к родителям в деревню Логовушка Курганского уезда Тобольской губернии. Перед молодым инженером (ему было 23 года), получившим за границей запас солидных знаний в области техники, открывалось широкое поле деятельности. Энтузиаст создания промышленности в Сибири, он буквально горел желанием скорей применить на практике свои знания. Тщательно обсудив намеченные планы с отцом А. Н. Балакшиным и тестем А. П. Ванюковым, Сергей Александрович вступил в товарищество „Балакшин, Ванюков и К0“ и приступил к организации в Логовушке механической мастерской. При этом он понимал, что столкнется со многими трудностями — отсутствием средств, квалифицированных рабочих и необходимого оборудования, острой конкуренцией с иностранными фирмами и т. п. Но С. А. Балакшин смело шел по намеченному пути и не свернул с него до конца своей жизни.
Возглавляемая С. А. Балакшиным механическая мастерская в Логовушке (в 20 км от Кургана) открылась уже в середине 1900 г. В старых саманных и деревянных зданиях общей площадью около 150— 200 м2 разместили оборудование с тремя полуизношенными токарными станками и настенным сверлильным станком, кузнечный горн, литейную с небольшой вагранкой, а также бондарное отделение. Для вращения станков применяли паровую машину соседнего паточного завода, а так как он действовал только осенью, мастерская в основном пользовалась конным приводом. В мастерской работали 15 человек, включая технического руководителя — инженера С. А. Балакшина и ученика-копировщика Федора Вотякова.
Вскоре С. А. Балакшин уже наладил изготовление оборудования для маслодельных заводов: ручных и приводных маслобоек, конных приводов, отжимных столов, фляг, молоковесов и других изделий. Несмотря на примитивные условия производства, выпускаемое мастерской оборудование было хорошо сконструировано и отличалось неплохим качеством. Оно тщательно проверялось в условиях эксплуатации и быстро завоевало признание и популярность не только в Курганском уезде, но и далеко за его пределами, тем более что предприятие такого профиля было единственным на всю Сибирь.
В начале своей деятельности молодой инженер столкнулся с крупными недостатками в развитии отечественной промышленности, в первую очередь с отсутствием стандартизации размеров отдельных элементов, их взаимозаменяемости, а также массового выпуска таких деталей, как гайки и болты. В 1904 г. впервые в России он выступил со статьей о необходимости введения в нашей стране стандартизации в машиностроении.
Изготовление оборудования для маслодельных заводов С. А. Балакшин рассматривал как промежуточный этап, как подготовку к выпуску более сложной и необходимой для Сибири продукции, позволявшей использовать большие сибирские водноэнергетические ресурсы. Он хорошо понимал, что деревянные мельничные колеса, применявшиеся в качестве двигателя на многочисленных сельских мельницах, должны быть заменены гидротурбинами с большим коэффициентом полезного действия и более надежными в эксплуатации. Одновременно С. А. Балакшин предвидел и то, что наряду с малыми гидротурбинами для мельниц со временем будут необходимы более мощные гидротурбины для будущих гидроэлектростанций на Енисее, Ангаре, Амуре, Оби и других сибирских реках. Он мечтал о грандиозных масштабах развития отечественной гидроэнергетики и поставил перед собой цель — воплотить эту мечту в жизнь. Вынашивая идею широкого использования „белого угля“ сибирских рек, С. А. Балакшин пришел к выводу о необходимости постройки завода по выпуску гидротурбин.
Удаленность мастерской от Кургана создавала большие трудности при доставке материалов и отправке готовой продукции. Мешала она и налаживанию связей с заказчиками и покупателями. Все это побудило С. А. Балакшина перевести мастерскую из Логовушки в Курган. Одновременно он вышел из состава товарищества, которое разрешило ему перевести несколько строений мастерской в город для размещения будущего предприятия.