Однако, как оказалось, это был последний официальный триумф в судьбе нашего героя. В 1985 году наступила перестройка, которая сыграла печальную роль в жизни Бондарчука. Буквально за год до нее он успел снять свой очередной фильм - "Борис Годунов", где сыграл главную роль, но, когда картина вышла на экраны страны, наш герой уже впал в немилость у своих же коллег-кинематографистов. Когда весной 1986 года в Москве собрался 5-й съезд кинематографистов СССР, Бондарчука не избрали на него делегатом. По этому поводу выступивший на этом форуме Никита Михалков, заявил: "Можно по-разному относиться к фильмам и личности Сергея Бондарчука - это дело индивидуальное. Но неизбрание делегатом съезда того, кто сделал "Судьбу человека", "Войну и мир", "Они сражались за Родину" - "и уже только этими фильмами вошедшего в историю отечественной культуры, - есть ребячество, дискредитирующее все искренние, благие порывы оздоровить унылую, формальную атмосферу, царящую в нашем Союзе кинематографистов".
Однако на эту реплику Н. Михалкова тут же ответил его коллега режиссер Владимир Меньшов: "По поводу Государственных премий. Я не хотел об этом говорить, но слишком задел Никита Михалков своей репликой о ребячестве, которое проявили по отношению к Бондарчуку. Как-то быстро ты повзрослел, Никита Сергеевич. Со стороны секции художественного кино никакого ребячества не было. Вот история с Государственной премией за фильм "Красные колокола"... Хороша или плоха эта картина, можно спорить, но есть там одна вещь, по-моему, бесспорная. Артист Устюжанинов не справился с ролью В.И. Ленина. И видно, что Бондарчук это сам понимает, он его как можно меньше старается показывать, все больше - на общем плане. Но нам настоятельно доказывали, что получилось хорошо, зрители как-то вяло с этим "хорошо" соглашались. Ах, так - Государственную премию дадим, чтобы знали, что это "очень хорошо"!"
На мой взгляд, причины гонений на Бондарчука вернее всего изложил на страницах журнала "Искусство кино" (1989, № 2) критик Л. Карахан: "У нас существовало официозное кино, приемлющее или, уж во всяком случае, не оспаривающее идеологическую монополию государства (в лице Госкино). Внутри этого образования были свои градации. Бесспорное первенство принадлежало элите государственных художников, где первым из первых был Бондарчук. Не случайно именно на него с особой яростью обрушилась критика, как только началось крушение идолов. Феномен Бондарчука как государственного художника требует, наверное, специального изучения, ибо он, делая неофициозную "Степь" или даже полемичную по отношению к господствующим идеологическим установкам картину "Они сражались за Родину", продолжал оставаться символом государственности в кино. Очевидно, действовал мощный стереотип: Бондарчук - истинно народный артист. Этот стереотип сработан еще при Сталине. Государственными художниками были и Е. Матвеев, и Ю. Озеров. Однако им, в отличие от Бондарчука, приходилось еще и выбором темы, способом ее интерпретации постоянно доказывать свою государственность..."
Между тем нападки на себя со стороны своих коллег Бондарчук воспринимал болезненно. Вот что рассказывает на этот счет актриса Л. Савельева: "Однажды мы вместе с Сергеем Федоровичем ездили в Норвегию. Мне всегда казалось, что он человек необыкновенно крепкий, защищенный. Но, помню, в самолете развернул какую-то газету, а там - про него статья, ужасная, некрасивая. Про то, что его режиссерские работы бездарны. Некий критик советовал Бондарчуку "не лезть в режиссуру". Смотрю: он сидит весь белый. Я всегда думала: он же знает себе цену, ведь фильмы-то снимал потрясающие, великие. И, казалось бы, такой человек не должен обращать внимания на эти мелкие укусы. Но он страшно страдал. Я только тогда поняла, насколько ему больно".