У Траубе, как и у Боткина, мысль постоянно работала в одном и том же направлении, не отвлекаясь ничем, выходящим из круга любимой специальности, поэтому оба они были полны множеством возникавших в них еще не разработанных вопросов и обобщений, и, высказывая их мельком перед слушателями, освещали громадные, но отдаленные горизонты науки и намечали будущие пути в них. Почти с каждой лекции обоих можно было вынести что-нибудь свежее, новое, чего не вычитаешь ни в одной книге, – мысль и наблюдение, не сделавшиеся пока общим достоянием науки, а только назревавшие в головах этих учителей. Боткин как слушатель высоко ценил преподавательские достоинства Траубе и после его лекций не мог удовлетвориться ни одним из тогдашних знаменитых клиницистов в Европе: ни Оппольцером, ни Шкодой, ни Труссо, – менее всего стариком Шенлейном, доживавшим тогда свой век в должности другого берлинского клинициста.
Посещая, кроме того, время от времени клиники наиболее известных – невролога Ромберга и сифилидолога Береншпрунга, – Боткин провел два года в Берлине в институте патологии, занимаясь преимущественно у Вирхова на его курсах, не пропуская ни одного производимого им вскрытия. Вскоре он стал в совершенстве владеть микроскопом и химической техникой и мог приступить к самостоятельным занятиям, результатом которых было появление нескольких его трудов в печати, помещенных в ежемесячном вирховском «Архиве». К этому же периоду относится и первое его печатное сообщение на русском языке, знакомившее с устройством солейлевского поляризационного аппарата.
Об этой своей берлинской рабочей поре Боткин всю жизнь хранил самые теплые, благодарные воспоминания. Тамошняя жизнь его стала еще полнее и менее одинока, когда в 1857 году приехали в Берлин для занятий И. М. Сеченов, офтальмолог Юнге и покойный хирург Беккерс; они тотчас же составили дружеский кружок, связанный общностью духовной жизни и интересов, и стали неразлучно проводить время, свободное от медицинских занятий. К Сеченову Боткин до самой смерти питал самую трогательную, нежную дружбу. Пользуясь продолжительностью летних вакаций в Берлинском университете, Боткин проводил их в Москве в родной семье и в один из этих приездов, помнится, в 1857 году захворал такими бурными и загадочными припадками, что болезнь была принята за острое воспаление брюшины, и только впоследствии, когда приступы стали повторяться, он убедился, что то была колика желчных камней, – болезнь, которой он страдал до самой смерти и которую изучил на самом себе до мельчайших подробностей, особенно в тех ее замаскированных и отраженных проявлениях, которые нередко служат камнем преткновения для самых опытных практических врачей.
В Берлине Боткин оставался до конца 1858 года и в декабре переехал в Вену, где продолжал начатые им гистологические работы, очень усердно посещал лекции физиолога Лудвига, от которых был в восторге, и клинику Оппольцера, поражавшую его своей недостаточной научностью. В Вене же совершился важный акт его личной жизни: он женился на А. А. Крыловой, дочери небогатого московского чиновника, но прекрасно образованной девушке. Отпраздновав свадьбу в Вене, куда невеста приехала с матерью из Москвы, он вскоре выехал оттуда, проделав большое путешествие по средней Германии, познакомившись по дороге с прирейнскими минеральными водами, по Швейцарии, побывав также в Англии, и в конце октября приехал для зимних занятий в Париж.
До сих пор он занимался без всяких помыслов о будущем и, увлекаемый самой бескорыстной любовью к науке, расширял свои знания, нимало не заботясь о том, где и как он будет их применять; но теперь, с одной стороны, он сам начинал сознавать, что поучился достаточно и пора приниматься за практическое приложение этих знаний, а с другой стороны, женитьба и вскоре рождение ребенка вынуждали подумывать о будущем, тем более что небольшой капитал, завещанный ему отцом, начинал истощаться. Но тут весьма кстати подоспело приглашение на профессуру из Петербурга. С восшествием на престол императора Александра II обновление русской жизни, коснувшееся всех ее сторон, коснулось и высших школ, в том числе и Петербургской медико-хирургической академии. В 1857 году президентом ее вместо Пеликана был назначен профессор П. А. Дубовицкий; он горячо принялся за внутренние преобразования, пригласив к себе в помощники в звании вице-президента московского физиолога Глебова, о котором говорилось выше, и сообща с ним решил для подъема преподавания дополнить состав профессоров молодыми силами, представившими доказательства своей научной подготовленности и талантливости.