Положительная реакция на выход «Александра Невского» в значительной степени реабилитировала репутацию Эйзенштейна. За орденом Ленина и докторской степенью ВГИКа сразу после премьеры последовали назначение на пост художественного руководителя «Мосфильма» и Сталинская премия. Не заставили себя ждать и новые возможности. Короткое время Эйзенштейн работал над не осуществившимся замыслом фильма о Гражданской войне, затем обратился к проекту, посвященному последним советским достижениям в историческом контексте. В конце 1930-х годов советское правительство начало последнюю крупную стройку межвоенных лет: оросительный канал протяженностью 270 километров через пустыни Узбекистана. Большой Ферганский канал хотя и уступал по масштабам строительства Беломоро-Балтийскому каналу (1931–1933) и Каналу имени Москвы (1932–1937), однако привлек пристальное внимание прессы, поскольку по замыслу властей знаменовал собой переход от феодализма к социализму в восточных республиках. Летом 1939 года Павленко съездил на участок строительства и поделился с Эйзенштейном восторженными впечатлениями. Буквально через несколько дней туда отправился сам Эйзенштейн вместе с Тиссэ, чтобы начать работу над фильмом о монументальном предприятии. Однако режиссер планировал охватить не только текущие достижения: три части в кратчайшие сроки написанного сценария представляли собой обширную историческую панораму. Первая часть, действие которой происходит в XIV веке, посвящена истории затопленного Тамерланом города. В ней вода предстает стратегическим оружием подавления. Вторая часть переносит зрителя в начало XX века и повествует о восстании крестьян против помещиков, лишивших их доступа к запасам воды, а третья чествует строительство Большого Ферганского канала в настоящее время. Центральный образ во всех трех эпизодах – вода, неумолимая природная стихия, символизирующая несокрушимую силу революции. С июля по сентябрь 1939 года съемочная группа Эйзенштейна отсняла большое количество материала, посвященного строительству канала, но в связи с недостатком средств и ослабевшей поддержкой Мосфильма работу над фильмом пришлось прекратить. К октябрю от проекта решительно отказались, и большая часть снятого материала была отдана на материал для хроникальных и документальных фильмов.
Неизвестно, почему именно Мосфильм отказался от поддержки кинопостановки, но нужно отметить, что планы Эйзенштейна снять историческую ленту сильно отличались от его изначальных замыслов. Для съемок исторических сцен, особенно на месте действия, потребовались бы огромные ресурсы, что тоже могло послужить причиной отказа. Но самую важную роль, вероятно, сыграла перемена политического климата. В августе 1939 года, пока Эйзенштейн со съемочной группой работали в Узбекистане, Советский Союз подписал один из самых известных документов межвоенного периода – пакт Молотова – Риббентропа.
Этот договор между нацистской Германией и СССР о взаимном ненападении резко изменил курс внешней политики Советского Союза. За одну ночь заклятый враг стал верным союзником. Одним из немедленных последствий договора стала необходимость избавиться от любых публичных свидетельств вражды между государствами, в связи с чем «Александр Невский» был изъят из проката. Положительный момент заключался в том, что немецкое правительство в качестве жеста доброй воли вернуло негатив «Потемкина» – единственную копию, которую Советский Союз продал на экспорт в середине 1920-х годов. За изменением политического курса последовала программа культурных мероприятий и обмена между странами, в рамках которой Эйзенштейну предложили стать режиссером постановки «Валькирии» Рихарда Вагнера в Большом театре. Это было его первое появление в театре со времен «Противогазов» в 1924 году.