С 3 февраля 1941 года у руководства Наркомата внутренних дел, и особенно у кадровиков, возникла серьёзная озабоченность в связи с тем, что Сталин И.В. решил разукрупнить это ведомство, создав на базе Главного управления государственной безопасности (ГУГБ) самостоятельный наркомат. О действительных причинах такого деления (тем более что с началом войны оно было ликвидировано) остаётся пока что только догадываться. Одни источники говорят о документах, в которых нарком Берия Л.П. неоднократно обращался к Сталину И.С. с письмами, в которых просил в связи «с непомерно возросшим объёмом работ и его разноплановостью» разделить ведомство на две составляющие, сделав органы внутренних дел и государственной безопасности самостоятельными единицами. Другие исследователи считают, что таким действием Сталин И.В. стремился несколько ослабить позиции своего энергичного соратника, действительно способного «подмять под себя» многие, в том числе и напрямую не касавшиеся его, государственные проблемы.
Автором высказывалось собственное мнение о том, что, поскольку товарищ Сталин И.В. ничего не делал непродуманно, без далеко видимых целей, то вопрос о преобразовании Наркомата внутренних дел надо рассматривать с позиций целенаправленной подготовки вождём народов Красной армии и всей Страны Советов к предстоявшему в будущем широкомасштабному «освободительному походу» в Европу. Естественно, что с предполагавшимся стремительным продвижением советских войск на территорию сопредельных государств функции двух «дружественных» наркоматов становились совершенно различными. Органы государственной безопасности должны были оперативно распространять свою специфическую деятельность на «освобождённые страны» непосредственно сразу после вхождения туда передовых воинских частей. Именно с этой целью Особый отдел (ОО) Главного управления госбезопасности НКВД СССР был расформирован, а вместо него созданы и им переданы функции указанного ОО: 3-е управление Наркомата обороны СССР и Наркомата военно‑морского флота и 3‑й отдел НКВД СССР по оперативной работе в войсках НКВД.
В новой, объявленной 26 февраля 1941 года, структуре НКВД СССР имелись четыре типа главков, управлений и отделов. Одни обеспечивали чисто внутренние дела государства, без которых невозможно обойтись: милиция, пожарная охрана, местная противовоздушная оборона, тюрьмы, архивы и прочее. Другие за счёт труда заключённых, являвшихся важной производительной силой социализма, создавали прочный тыл и управляли (помимо собственно ГУЛАГа) лагерями железнодорожного строительства, гидростроя, горно‑металлургических предприятий, промстроя, топливной и лесной промышленности, а также лагерями по строительству Куйбышевских заводов, сверхсекретного подземного командного пункта для правительства в Жигулёвских кручах, различных объектов на Дальнем Севере и шоссейных дорог по всей стране. Сюда же следует отнести Управление по делам военнопленных и интернированных, которых ещё не было, за исключением, может, поляков и финнов, но мощный поток коих предполагался с началом наступательных боевых действий. К этим подразделениям необходимо прибавить и чуть позднее созданные Главное управление аэродромного строительства, подготавливавшее взлётно-посадочные полосы для военно-воздушных сил Красной армии, и Управление лагерей по строительству предприятий чёрной металлургии. К третьему типу относились подразделения обеспечения собственной работы наркомата: Административно-хозяйственное управление (АХУ), отдел кадров, финансово-плановый, контрольно-инспекторский, секретариат и др.