Одновременно с отменой приказа о высадке на Хоккайдо Василевский направил командующему Военно-морским флотом СССР адмиралу Кузнецову и командующему СТОФ Юмашеву телеграмму, в которой, ссылаясь на рескрипт императора о капитуляции, предложил последним рассмотреть вопрос о возможности транспортировки основных сил 87-го стрелкового корпуса с Сахалина на Южные Курилы (острова Кунашир и Итуруп), минуя остров Хоккайдо, с докладом об их мнении не позднее чем утром 23 августа[65].
Из этой телеграммы видно, что в связи с отменой советского десанта на Хоккайдо советское командование, гибко отреагировав на изменение обстановки, решило попытаться использовать этот десант для занятия Южных Курил, после того как Кузнецов и Юмашев положительно отнеслись к запросу Василевского, начав здесь высадку войск до официального подписания Акта о капитуляции.
В результате этого 26 августа началась, по сути дела, отдельная боевая операция без участия войск, кораблей и авиации, предназначенных для занятия Северных и Средних Курил до острова Уруп включительно[66].
Капитан В. Леонов, получив в г. Корсаков в этот день приказ № 12146 о занятии к 3 сентября островов Кунашир и Итуруп, из-за недостатка горючего 28 августа в 21.50 ограничился сначала направлением на Итуруп только двух траулеров. 28 августа передовой отряд советских войск высадился на этом острове. Японский гарнизон острова выразил готовность к капитуляции.
1 сентября, опасаясь малочисленности советского десанта, капитан Г.И. Брунштейн высадил на острове Кунашир сначала передовой отряд с первого траулера, а затем в подкрепление ему второй отряд. И хотя эти отряды не встречали сопротивления японцев, занятие Кунашира завершилось только к 4 сентября. Остров Шикотан из Малой Курильской гряды был также без боя занят советскими войсками 1 сентября[67].
Операция же по занятию островов Хабомаи (Плоские) — эти названия они получили позднее, а тогда назывались Суйсё — началась 2 сентября, когда капитан Леонов получил от своего командования приказ подготовить оперативный план занятия этих островов и поручил капитану третьего ранга Чичерину возглавить соответствующую группу войск на случай их занятия. Из-за плохой связи в сложных погодных условиях Леонов не смог, по его словам, точно разъяснить Чичерину, что требуется только план высадки, а не его выполнение к 3 сентября.
Прибыв на Кунашир в 6.00 того же дня, Чичерин организовал две группы для десанта на острова Хабомаи: первую для занятия островов Сибоцу (о. Зеленый), Суйсё (о. Танфильева), Ври, или Юру (о. Юрий) и Акиюри, или Акиюру (о. Анучина), а вторую — для занятия островов Тараку (о. Полонского) и Хаукарумошир (о-ва Дёмина).
3 сентября эти группы отправились без санкции более высокого советского командования на указанные острова и, не встретив никакого сопротивления со стороны японцев, завершили их занятие 5 сентября; после подписания японской стороной официального Акта о капитуляции. При этом штаб Дальневосточного округа назвал их «исконными русскими территориями» (но только с японскими наименованиями), хотя эти о-ва можно было отторгать у Японии лишь как меру наказания за агрессию, а не как «исконные русские территории», каковыми они не являлись[68].
Располагая политико-административной картой Японии, советское командование могло знать, что эти острова в административном отношении не входят в состав Курильских островов (Тисима), а относятся к уезду Ханасаки префектуры Хоккайдо. Но с точки зрения обычного употребления и в ряде официальных изданий, в том числе в толковых словарях и лекциях, острова Хабомаи включались в Японии в состав Курильских островов. Но если бы американцы, делая акцент на политико-административном делении Японии, заняли их как часть своей зоны оккупации — префектуры Хоккайдо, то советская сторона, очевидно, не стала бы настаивать на ином, обычном и, следовательно, юридически правомерном толковании пределов Курильских островов[69], чтобы не конфликтовать с США. А поскольку советские войска так или иначе опередили здесь американские, последние, зная, что Курилы (Тисима) в обычном словоупотреблении включали в себя и острова Хабомаи, учитывая их небольшое стратегическое значение[70], не стали в свою очередь конфликтовать с СССР и настаивать на том, что при распределении зон принятия капитуляции японских войск США брали за основу политико-административное деление страны, отложив этот вопрос до переговоров о мирном урегулировании с Японией.
В связи с высказанными соображениями любопытен тот факт, что по прибытии на Хабомаи бойцы отряда Чичерина в первую очередь поинтересовались, не высадились ли здесь американские войска, и успокоились только получив отрицательный ответ.