5 ноября произошел еще один серьезный инцидент — японский пароход «Киби-мару» по пути из Кореи в порт Цуруга столкнулся с плавучей миной на широте 40°41' северной широты 131° восточной долготы и пошел на дно со 156 пассажирами на борту. В связи с этим заместитель министра иностранных дел Японии X. Ниси вновь потребовал компенсации и отмены упомянутых зон.
В ответ Сметанин не согласился с утверждением собеседника, заявив, что это — лишь его предположение и что советские плавучие мины устроены так, что даже если они оторвутся от фалов, то будут совершенно безопасны. Он настаивал на том, что «Киби-мару» затонул в результате взрыва котла или контактной, а не плавучей мины, которые установлены в советских зонах.
Полпред высказал также предположение, что это японское судно было, возможно, пушено на дно преднамеренно ВМС третьей стороны с целью спровоцировать осложнения в советско-японских отношениях.
Несколько дней спустя МИД Японии представил посольству СССР в Токио ряд документов с маршрутами дрейфа советских плавучих мин и перечнем инцидентов, возникших в результате столкновения с ними японских судов, а также смету ущерба от гибели «Киби-мару» с требованием компенсации ущерба.
Советская сторона вновь заявила, что в случае дрейфа советские плавучие мины автоматически становятся безвредными, и высказала предположение, что «Киби-мару» был потоплен немецким военным судном.
13 ноября Сметанин передал министру иностранных дел Того официальный ответ правительства СССР. Советская сторона заявила, что инцидент с «Киби-мару» произошел в 125 морских милях от ближайшей советской ограничительной зоны, подчеркнула безопасный характер мин, повторила прежние версии гибели судна, отказалась отменить указанные зоны в связи с реальной опасностью нападения надводных военных судов и подводных лодок Германии и Италии. Того отвел утверждения советского правительства, попросил пересмотреть его точку зрения и обвинил СССР в намерении, игнорируя факт гибели большого количества людей, переложить ответственность на третьи государства.
В ответ 19 ноября Сметанин передал предложение советского правительства создать совместную комиссию по расследованию данного инцидента.
Собеседник согласился с этим при условии, что СССР возьмет на себя ответственность, если комиссия поддержит требования Японии в случае признания виновной советской стороны.
1 декабря Сметанин передал согласие на это своего правительства, полученное, быть может, потому, что за несколько дней до этого Того передал Сметанину памятную записку японского правительства со ссылками на показания спасшегося капитана «Киби-мару», который сообщал, что взрыв произошел между двумя кабинами не ниже ватерлинии, как это бывает при торпедировании корабля, а на ее уровне, как это бывает при контакте с минами. Сметанину был вручен также акт извлечения осколков из тел пассажиров, подтверждавших, что эти осколки относятся к боеприпасам советского производства, свидетельство первого инженера корабля о том, что котел «Киби-мару» в момент взрыва был в порядке, с заключением на этом основании, что предположение советской страны, будто инцидент был спровоцирован третьей державой, является абсурдным. В записке отмечалось, что после ноябрьского тайфуна были выловлены плавучие мины в районе гибели «Кибимару», у берегов Северной Кореи, Южного Сахалина и даже в Сангарском проливе, причем многие из них вследствие технических дефектов взрывались либо сами по себе, либо при контакте, в результате чего погибли еще одно японское и одно корейское суда, а также было убито и ранено значительное число японцев и корейцев или на борту своих судов, или при попытках обезвредить эти мины на берегу.
В связи с этим японское правительство требовало, независимо от прав воюющих государств на те или иные меры своей обороны, оградить Японию как нейтральное государство от ущерба навигации своих судов и своему рыболовству и ликвидировать опасные зоны.
В дальнейшем переговоры по этому вопросу затянулись из-за того, что каждая сторона настаивала на своих методах расследования этих инцидентов, определении степени ответственности и размеров компенсации ущерба.