Но если Суслова Брежнев обожал, то с Косыгиным у него была постоянная конфронтация. После Сталина к власти в стране стали приходить люди, далёкие от идеологии, — карьеристы и приспособленцы. Если в номенклатуру попадали люди профессиональные и принципиальные, то вскоре система их превращала в таких же послушных винтиков или отторгала.
В теории марксизма-ленинизма они не разбирались, их вполне удовлетворяло идеологическое толкование классиков Сусловым. Хотя при Хрущёве и Брежневе он не занимался творческим развитием коммунистической идеологии. Он просто искал идеологическое обоснование реформам и для этого имел картотеку с вырезками ленинских цитат.
Однако Ленин часто писал прямо противоположные вещи, поэтому его цитатами можно было обосновать любые партийные начинания — от массовых расстрелов во имя строительства коммунизма до перехода на капиталистический путь развития. Это происходило потому, что социализм остановился в развитии, а ничего нового придумать не получалось.
Но Суслов не только подыскивал нужные цитаты, он был влиятельнейшим серым кардиналом при Хрущеве и Брежневе и реально определял государственную политику. Когда Брежнев потерял интерес к государственным делам, то Суслов оказался одним из тех, кто за него принимал все важные решения и лично жестоко преследовал тех, кто покушался на авторитет Брежнева и партии.
При Суслове секретариат ЦК, наряду с Политбюро, стал вторым центром власти, где он обладал огромной властью и зачастую единолично принимал решения. У Суслова были какие-то собственные принципы, которые он предпочитал скрывать, но отстаивание их наглядно проявлялось в его политических действиях.
Так, он решительно выступил за подавление антисоветского мятежа в Венгрии военной силой и отстоял свою точку зрения, но чаще его позиция корректировалась в связи с официально линией партии. При Хрущёве он одобрительно жал руку Солженицыну, но потом запретил дальнейшие его публикации и голосовал за его высылку из страны.
Именно Суслов решительно блокировал неоднократные попытки реабилитировать Сталина, разгонял редакцию «Нового мира», но покровительствовал русскому патриотическому и опальному художнику Глазунову и даже позировал ему для портрета.
Он стремился к стабильной умеренности без крайностей и перекосов. Любые резкие шаги влево или вправо им безжалостно пресекались. Поэтому Суслов не одобрял как сталинистов, так и антисталинистов. Он формировался как политик в годы жестокой борьбы между различными фракциями и течениями в партии, когда не карьера, а жизнь зависела от случайной ошибки.
Это приучило его быть крайне осторожным и незаметным аскетом. Он даже зарплату не получал, чтобы никто не обвинил его в излишнем потреблении, стараясь быть более нетребовательным в быту, чем сам Сталин.
Жорес Медведев называл Суслова «тайным Генсеком» и считал, что Сталин хотел видеть своим преемником.
Суслов, несомненно был серым кардиналом при Хрущеве и Брежневе, но при этом не имел политических амбиций и принципиально предпочитал оставаться в тени, хотя в свою идеологическую «вотчину» не пускал никого, даже из членов Политбюро.
При Хрущеве в 1962 году Суслову присвоили звание Героя Социалистического Труда. Но он был недоволен идейными шатаниями Никиты Сергеевича и бесшабашным очернением Сталина, поэтому в 1964 году принял участие в его смещение. При Брежневе он оставался в тени, хотя роль его существенно возросла. Он отвечал за культуру, образование, цензуру и главное — за идеологию.
В этот период он проявил себя консерватором и догматиком, но не был последовательным ни в развенчании культа личности Сталина, ни в его реабилитации, но с его именем были связаны гонения на интеллигенцию, аресты диссидентов и ссылки Солженицына и Сахарова.